意外的邂逅與不和諧的神奇寶貝中心
小智、莎莉娜、希特隆與尤莉嘉在前往映雪市的森林中尋找神奇寶貝中心時，意外聽到喬伊小姐的求救聲。眾人趕到現場後，發現喬伊小姐竟然為了尋找東西而卡在岩石縫隙中，於是趕緊協助她脫困。喬伊小姐解釋她終於找到了夢寐以求的超級進化石。隨後，喬伊小姐開著救護車載著大家前往她任職的神奇寶貝中心，但眾人抵達後卻發現中心內氣氛詭異，助手差不多娃娃因為喬伊小姐外出未事先聯絡且遲歸而大發雷霆，甚至將自己反鎖在診療室並堆起路障拒絕溝通。
布拉塔諾博士的到來與急救任務
在眾人試圖調解之際，常來中心的小男孩小勉帶領小智一行人從通風管進入診療室。此時，布拉塔諾博士剛好帶著受傷嚴重的幕下力士匆忙趕到。面對急需救治的傷患，喬伊小姐與差不多娃娃展現了高度的專業素養，瞬間放下爭執並發揮完美的默契，成功完成了急救工作。事後，博士透過儀器確認了喬伊小姐找到的正是「差不多娃娃進化石」。喬伊小姐坦白自己是因為常被認為做事粗心，為了給辛苦的助手驚喜並提升療癒力量，才獨自去尋找寶石，雙方的誤會因此冰釋。
超級進化的力量與心靈的羈絆
然而，火箭隊突然駕駛著巨大的秘密武器「巨大巨大喵喵」機械人襲擊神奇寶貝中心，企圖強行奪走所有神奇寶貝球、皮卡丘以及超級進化石。在混亂中，布拉塔諾博士將鑰石交給喬伊小姐。儘管是第一次嘗試，但喬伊小姐與差不多娃娃憑藉著深厚的羈絆，成功引發了超級進化，變身為「超級差不多娃娃」。超級差不多娃娃展現了驚人的實力，最後使出充滿療癒力量的「治癒波動」，讓火箭隊在心靈祥和的狀態下主動放棄戰鬥並釋放神奇寶貝，最終由皮卡丘補上十萬伏特將他們擊飛。
未來的旅程與新的研究
事件解決後，喬伊小姐與差不多娃娃重新建立起信任，神奇寶貝中心恢復了往日的溫馨。布拉塔諾博士為了查明尤莉嘉照顧的神祕生物「小軟」的身分，決定先帶著資料返回研究所進行深度調查。小智一行人與博士和喬伊小姐道別後，懷著對超級進化與羈絆的新體悟，繼續朝著第八個道館所在地——映雪市前進。