永恆黑夜的異象
小智與小豪受櫻木博士之託，前往城都地區的一座小鎮調查神祕的異象。該小鎮在原本應該是白天的時間，卻被詭異的漆黑天空籠罩，且這種情況已經持續了一週，嚴重影響了居民的生活規律。抵達當地後，小豪收服了因為被視為不吉利象徵而顯得無精打采的黑暗鴉。隨後，他們遇見了一位名叫綺羅羅的女孩，她正獨自望著星空，尋找著她心中所謂的「皮寶寶的星星」。
神奧冠軍竹蘭現身
正當兩人感到困惑時，遇見了同樣前來調查此現象的神奧地區冠軍——竹蘭。竹蘭身為考古學家，對於罕見寶可夢與神話有著深入研究。根據綺羅羅對「黑黑的、像木棒一樣的小眼珠寶可夢」的描述，眾人確認了這一切的始作俑者正是「未知圖騰」。原來綺羅羅因為極度思念不久前過世的夥伴皮寶寶，她強烈的願望與未知圖騰產生共鳴，導致未知圖騰將她的願望實體化，創造出這個永不終結的黑夜以便她尋找星星。
幻影的阻撓與實力之戰
為了讓小鎮恢復原狀，小智一行人試圖勸說綺羅羅，但渴望留在黑夜中的綺羅羅引發了未知圖騰的保護機制。未知圖騰製造出皮卡丘、閃焰王牌的幻影來阻擋眾人，甚至複製了竹蘭的烈咬陸鯊。幻影擁有與本尊不相上下的力量，讓戰鬥一度陷入僵局。最終，竹蘭展現了八大師等級的高超實力，指揮烈咬陸鯊利用沙暴隱藏身形並配合鱗射，成功擊敗了幻影烈咬陸鯊，突破了未知圖騰的屏障。
皮寶寶的告別與破曉
在竹蘭的引導下，綺羅羅終於意識到自己的任性讓大家感到困擾。雖然她內心依然寂寞，但她決定堅強地面對分別。此時，未知圖騰感應到她的心意，在璀璨的星空下幻化出皮寶寶的身影與她做最後的告別。在溫暖的擁抱後，綺羅羅終於釋懷，未知圖騰也隨之散去。隨著幻象消失，清晨的陽光重新灑向小鎮，天空恢復了正常的白晝。小智與小豪告別了竹蘭，帶著這次奇妙的調查經驗，繼續邁向下一段冒險。