洛托姆圖鑑的誕生與啟動
故事開端，在阿羅拉地區展開新生活的小智收到了庫庫伊博士贈送的特殊禮物——一個空的寶可夢圖鑑。隨後，一隻洛托姆進入了圖鑑中，進化成具有溝通能力的「洛托姆圖鑑」。洛托姆圖鑑不僅內建多種語言，還能透過自我學習程序來紀錄寶可夢數據。小智向洛托姆介紹了他的夥伴皮卡丘與博士家的岩狗狗，雖然初期在解釋皮卡丘習性時出了一點小差錯，但也迅速建立了小智與洛托姆之間的友誼。
寶可夢學校的戶外教學
小智帶著洛托姆圖鑑來到寶可夢學校，將新夥伴介紹給同學們（瑪奧、水蓮、莉莉艾、馬瑪內、卡奇）。洛托姆強大的分析能力讓馬瑪內非常感興趣，甚至想解析其程式碼，卻被洛托姆拒絕。隨後，歐基德校長用他特有的「寶可夢冷笑話」與洛托姆打招呼，沒想到洛托姆竟也能對答如流。庫庫伊博士提議當天的課程為「戶外實地考察」，目標是讓小智在阿羅拉地區首次嘗試收服野生的寶可夢。
火箭隊與恐怖的謎擬Ｑ
另一方面，受坂木老大之命來到阿羅拉地區的火箭隊（武藏、小次郎、喵喵、果然翁），在森林中尋找稀有寶可夢時遇見了一隻披著皮卡丘外皮的神祕寶可夢「謎擬Ｑ」。喵喵試圖與其溝通，卻被謎擬Ｑ陰森的話語嚇得魂飛魄散，甚至在試圖掀開謎擬Ｑ的布殼時，意識差點被拉入奈落之底。儘管如此，武藏仍看中了謎擬Ｑ的獨特性，決定將其收服為阿羅拉地區的第一個夥伴。
皮卡丘對抗謎擬Ｑ與穿著熊亂入
小智一行人在森林中遇到了正在與火箭隊對峙的謎擬Ｑ。根據洛托姆圖鑑的資料，謎擬Ｑ的真面目是謎團，看過其真面目的人甚至會因驚嚇過度而死亡。小智指揮皮卡丘與其交戰，卻發現謎擬Ｑ的實力異常強大，能接下電球與鐵尾等攻擊。此時火箭隊現身並發表了新的阿羅拉版開場白。喵喵翻譯指出，謎擬Ｑ是因為對皮卡丘抱持著極大的恨意才化身成這個模樣，並主動協助火箭隊戰鬥。正當雙方激戰之際，一隻巨大的「穿著熊」突然現身，在眾目睽睽之下將火箭隊強行抱走，中斷了戰鬥。雖然最終沒能收服寶可夢，但小智與洛托姆圖鑑的冒險才正要開始。