初遇離群的強敵
小智、小遙、小剛與小勝一行人在穿過森林前往茴香谷對戰金字塔的途中，突然遭到一隻實力強悍的野生瑪狃拉襲擊。這隻瑪狃拉擁有驚人的速度，不僅避開了皮卡丘的十萬伏特，更在交戰中使小智的長尾怪手受了傷。隨後，瑪狃拉消失在森林中。森林警備隊的河田及時現身，帶領眾人前往小屋為長尾怪手進行治療，並向大家說明這隻「離群瑪狃拉」的情況。
瑪狃拉失去地位的過去
河田解釋這隻瑪狃拉原本是當地族群的首領，但因為敗給了另一隻外來的瑪狃拉而失去領導地位，從此獨自在森林邊緣修煉並挑戰路過的訓練家。這時，一隻雌性的狃拉突然出現並向離群瑪狃拉求救。透過喵喵的翻譯，大家得知現任首領性格極為橫暴，族群的生活苦不堪言，因此這隻狃拉才逃出來尋找前任首領。火箭隊的武藏雖然對瑪狃拉產生了莫名的崇拜，但隨即因新首領的出現而被打飛。
為了同伴而戰的決心
新首領瑪狃拉帶著手下追趕而來，意圖強行帶走逃走的狃拉。起初，離群瑪狃拉因為過往的失敗而感到猶豫，甚至打算繼續孤身一人。小智對此大聲斥責，激勵牠修煉得來的強大力量應該是用來守護同伴，而非僅僅為了自我滿足。在小智的鼓舞下，離群瑪狃拉終於挺身而出，與新首領展開了一場高速且激烈的宿命對決。
重返首領之位與新的旅程
經過一番苦戰，離群瑪狃拉展現了獨自修行後的成果，成功擊敗了現任首領。然而，勝出的瑪狃拉展現了首領的氣量，與戰敗的對手達成和解，化解了彼此的仇恨。所有的瑪狃拉與狃拉再次團結在一起，由牠重新帶領回歸深林。在確認森林恢復和平後，小智與河田告別，帶著康復的長尾怪手，鬥志昂揚地朝著最後的對戰設施——對戰金字塔前進。