誤闖保護區與神祕少年的出現
小智、小霞與小剛在前往「野生原野區」的途中，誤入了叢林地帶。看到大量寶可夢的小智興奮地想要捕捉吉利蛋，卻差點被野生保護區的巡邏員君莎小姐以涉嫌非法盜獵為由逮捕。在解開誤會後，君莎小姐帶領他們調查附近的盜獵警報，發現了火箭隊正計畫捕捉珍貴的袋獸群。就在混亂之際，一名能夠指揮袋獸群、被稱為「泰山」的神祕少年突然出現，他展現出驚人的野外生存能力，成功擊退了火箭隊並救回袋獸。
跨越五年的親子重逢
隨後，一對乘坐直升機的夫婦趕到現場，他們竟是少年的親生父母。父親與母親含淚敘述了五年前在旅行中，意外讓年僅三歲的兒子「小太郎」從直升機墜落失蹤的往事。在君莎小姐的幫助下，確認了這位野性少年泰山就是當年失蹤的小太郎。然而，自幼與袋獸共同生活的泰山已經完全忘記了人類的語言與記憶，他堅持袋獸才是自己的母親，不願承認這對人類父母，讓重逢陷入了尷尬與悲傷的局面。
守護家園的戰鬥與最終抉擇
火箭隊再次襲擊，這次他們開著巨大的袋獸機械並使用麻醉彈試圖將整群袋獸一網打盡。泰山為了保護袋獸群，與小智的皮卡丘、妙蛙種子、傑尼龜及小火龍一同奮戰。在危急時刻，泰山的父母為了拯救兒子，不惜賭上性命開著直升機衝撞火箭隊的機械。這份捨身守護的愛終於傳達給了泰山，讓他回想起了人類父母的溫暖。最終，這對夫婦決定放棄文明生活，留在叢林中與泰山及袋獸家族共同生活，一起守護這片寶可夢保護區。小智一行人看著這奇特卻幸福的一家人，帶著感動繼續踏上前往野生原野區的旅程。