火箭隊的陰謀與螺釘山的時空祕密
故事開端，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵與塞格博士正在策劃一項巨大的陰謀。他們鎖定了合眾地區著名的礦山「螺釘山」，目標是奪取古代龜寶可夢「原蓋海龜」的化石。塞格博士發現螺釘山地下正產生時空扭曲，這是一個通往過去世界的「時之門」。火箭隊企圖利用原蓋海龜或其進化形「肋骨海龜」的生命能量來穩定並擴大這個通道，進而征服古代世界並獲取絕種寶可夢作為戰力。
巧遇考古學家富士男與神祕往事
正前往雪花市的小智、艾莉絲與天桐在螺釘山的洞窟中迷路時，偶遇了業餘考古學家富士男與他的夥伴螺釘地鼠。富士男剛好挖掘出一塊罕見的原蓋海龜化石，並興奮地向眾人分享。富士男透露，他兒時曾意外闖入時空隧道，在過去的世界遇見過活生生的原蓋海龜，兩人甚至成為了好友，他還將自己的項鍊送給了對方。雖然青梅竹馬史黛拉認為這只是小孩子的幻想，但富士男始終深信不疑。
化石奪還戰與原蓋海龜的復活
正當眾人交談時，火箭隊突然現身搶走了化石。小智與富士男為了奪回化石跳上火箭隊的直升機，卻被塞格博士的能量場困住。塞格博士利用從紅豆杉博士與真菰博士處竊取的科學數據，搭配電氣石產生的超電力能量，成功將原蓋海龜從化石中復活。然而，復活後的原蓋海龜對陌生的現代環境感到恐懼，展現出驚人的「原始之力」並使用「鹽水」招式，趁亂逃出了火箭隊的掌控。
保護不安的古代寶可夢
原蓋海龜逃進了螺釘山的礦區，富士男發現這隻原蓋海龜對人類充滿戒心且十分不安。小智派出了水水獺協助追蹤並保護原蓋海龜，希望能在火箭隊再次抓捕牠之前提供幫助。富士男看著眼前的原蓋海龜，心中也對兒時的朋友充滿懷念。究竟原蓋海龜是否就是富士男兒時遇到的那一隻？小智等人能否阻擋火箭隊征服過去世界的計畫？劇情在原蓋海龜逃竄的緊張氣氛中留下了伏筆。