火箭隊的野心與螺旋山的秘密
在螺旋山的深處，小智、艾莉絲與天桐正與寶可夢考古學家弗吉奧一同行動，保護從化石中復活的原蓋海龜。弗吉奧的好友史黛拉駕車及時趕到，救出了被野生車輪球包圍的眾人。眾人討論到，火箭隊的塞格爾博士企圖利用原蓋海龜特有的生體能量來穩定「時光之門」——這是一個位於螺旋山地底的時空扭曲點。一旦時光之門被固定，火箭隊就能隨意前往過去的世界，大量捕捉珍貴的古代寶可夢並帶回現代。
肋骨海龜的進化與時光之門的開啟
在短暫的休息中，眾人發現原蓋海龜不肯進食現代的樹果，弗吉奧解釋古代寶可夢的口味與現代完全不同，並細心地照顧牠。然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵很快便追蹤而至。在激烈的對戰中，原蓋海龜受到超電力能量的刺激，竟然進化成了肋骨海龜。進化後的肋骨海龜施展強力的「水炮」反擊，但隨即感應到時光之門另一端同伴的呼喚，獨自朝著地底深處跑去。火箭隊趁機捕捉了肋骨海龜，並將其生體能量增幅，成功讓時光之門完全開啟，連通了古代世界。
跨越時空的羈絆與最終決戰
正當火箭隊準備踏入古代世界大肆搜刮時，小智一行人趕到現場阻止。此時，數隻野生的肋骨海龜感應到同伴受困，竟跨越時光之門來到現代支援。面對火箭隊強大的捕捉機械，小智的皮卡丘、天桐的花椰猴與弗吉奧的肋骨海龜展現了深厚的默契與友情。在皮卡丘的電球攻擊與眾多肋骨海龜的合力下，終於摧毀了捕捉裝置並擊退火箭隊。塞格爾博士眼見時空扭曲點開始縮小，被迫中止任務撤退。
溫馨的道別與約定
隨著戰鬥結束，時光之門即將關閉。弗吉奧與他在孩提時代曾遇見的那隻肋骨海龜深情告別，看著牠與同伴們平安回到原本的時代。雖然隨著時光之門的消失，弗吉奧多年來研究古代世界的「證據」也隨之化為烏有，但他感到無比滿足，因為他終於履行了與朋友之間的約定，守護了牠們的世界。小智一行人告別了弗吉奧與史黛拉，帶著新的體會繼續踏上合眾地區的冒險旅程。