初次邂逅調皮的蜻蜻蜓
小智、小霞與小剛在前往圓朱市圓朱道館的旅途中，遇見了一隻活潑且調皮的薄翅寶可夢——蜻蜻蜓。這隻蜻蜻蜓不僅搶走了小智的帽子，還在森林中四處穿梭。隨後，它的訓練家寬人趕到並道歉，解釋這隻蜻蜻蜓非常愛惡作劇，且不聽從指令。這隻蜻蜻蜓在飛行時會拍動翅膀產生強大的衝擊波，這對玻璃製品來說簡直是噩夢。
玻璃店家的兩難處境
寬人的父親明人是鎮上知名的玻璃工匠，目前正致力於為神奇寶貝中心修復大型的彩繪玻璃。由於蜻蜻蜓頻繁拍動翅膀導致鎮上許多居民的窗戶破碎，居民們怨聲載道。明人為了保住家裡的聲譽以及珍貴的彩繪玻璃，忍痛要求寬人將蜻蜻蜓棄養。寬人雖然深愛著蜻蜻蜓，但在巨大的現實壓力下，被迫將蜻蜻蜓野放。然而，傷心的蜻蜻蜓隨即被一直在旁窺視的火箭隊帶走。
火箭隊的惡意利用與陰謀
火箭隊看中了蜻蜻蜓衝擊波的破壞力，利用它在鎮上大肆破壞玻璃。接著，武藏與小次郎偽裝成玻璃商人，推銷所謂的「特別製玻璃」，實際上卻是利用水冷凍而成的冰塊。他們以此騙取居民金錢，並計劃在冰塊融化、惡行曝光前逃離。與此同時，由於蜻蜻蜓在現場出現，憤怒的居民誤以為寬人與騙子是同夥，將他帶到父親面前對質。
掌握音速波，守護彩繪玻璃
火箭隊帶著蜻蜻蜓闖入神奇寶貝中心，威脅要破壞明人辛苦完成的彩繪玻璃。寬人眼見蜻蜻蜓被利用，毅然決定救回夥伴，並對蜻蜻蜓承諾再也不分開。在小智與小霞的支援下，他們展開了戰鬥。透過寶可夢圖鑑的說明，大家發現衝擊波其實是招式「音速波」。明人鼓勵寬人嘗試在戰鬥中引導這股力量，而不僅僅是壓抑它。寬人指揮蜻蜻蜓將音速波集中在對手身上，成功控制了破壞範圍。最終，蜻蜻蜓利用影子分身與精準的音速波擊退了火箭隊，保住了彩繪玻璃。明人與居民們看到了寬人與蜻蜻蜓的成長與努力，終於接受了它，這對夥伴得以繼續一起生活與修行。