蜥蜴王的低潮與森林的危機
小智一行人為了挑戰第五個對戰開拓區設施「對戰宮殿」，來到了金屬島。在特訓過程中，雖然小遙與伊布展現了極佳的默契，但小智的蜥蜴王卻陷入了無法使出任何招式的嚴重低潮。蜥蜴王因為對自己的無力感到自責與憤怒，獨自跑進了森林深處。小智與皮卡丘擔心蜥蜴王的安危隨後追上，卻意外闖入了正值進化季節、情緒異常焦躁的大針蜂群領地，並遭到大針蜂群的猛烈圍攻。混亂中，皮卡丘被大針蜂帶走，小智與蜥蜴王也因躲避攻擊而不慎墜入河中，與夥伴們失散。
開拓之腦宇康的現身與守護
小遙、小剛與小勝在亞希達的帶領下尋找小智，期間遇到了對戰宮殿的領航者，同時也是開拓之腦的「宇康」。宇康在森林中救起了受傷的皮卡丘，並利用島上的天然藥草為其治療。宇康向大家分享了「與自然共存」的哲學，認為在自然環境中，人類、神奇寶貝與森林應視為一體。與此同時，筋疲力盡的小智仍不斷鼓勵著蜥蜴王，強調招式能否使出並非重點，最重要的兩人的羈絆，這份溫情讓原本心灰意冷的蜥蜴王深受感動。
火箭隊的奇襲與蜥蜴王的覺醒
火箭隊趁著小智與蜥蜴王虛弱之際發動襲擊，利用防電裝置抓走了皮卡丘與蜥蜴王。小智為了奪回同伴，不顧危險跳上火箭隊的氣球並死命抓著籃筐。面對火箭隊毒粉蛾的猛烈攻擊，小智仍張開雙臂保護受傷的蜥蜴王，並大聲宣告無論如何都會守護自己的神奇寶貝。蜥蜴王目睹小智為了保護自己遍體鱗傷，內心的陰霾終於散去，強烈的戰鬥意志讓它成功覺醒，接連使出「葉刃」與「種子機關槍」將火箭隊擊飛，順利救回皮卡丘並克服了招式障礙。
戰鬥宮殿前的約定
戰鬥結束後，宇康指揮妙蛙花釋放芳香平息了大針蜂群的怒氣，並由吉利蛋使用「治癒鈴聲」為蜥蜴王恢復體力。宇康感佩於小智與蜥蜴王之間深刻的信賴關係，但也指出長途跋涉後的疲勞不適合立即對戰。小智聽從建議，決定與蜥蜴王在神奇寶貝中心充分休息。兩人與宇康相約，將在隔日於對戰宮殿進行一場全力以赴的開拓之腦對戰，準備奪取第五個開拓象徵。