乾涸土地上的神祕虹光
小智、小霞與小剛在前往淺蔥市的途中，正受困於持續多日的乾旱，四周的河川與池塘都已乾涸，眾人與寶可夢們都感到口渴難耐。就在此時，小智一行人注意到遠方的鐵炮山上空出現了奇異的虹色光芒，光芒轉瞬即逝。為了尋找水源並解開虹光之謎，他們來到了附近的一座寶可夢中心。
鐵炮魚文明的傳說與畫家洛霍
在寶可夢中心，喬伊小姐為大家提供了飲水，並向他們介紹了這片土地的歷史。據說這裡曾存在過「鐵炮魚文明」，當時這片土地擁有茂密的森林，但古代人為了建築與燃料過度砍伐樹木，導致土地荒蕪、水源枯竭。隨後，一位老畫家洛霍出現，他分享自己三十多年來一直試圖捕捉鐵炮山出現的虹色天空。他曾分別使用過7色與12色的蠟筆，卻都因顏色不足而失敗，這次他特別準備了251色的蠟筆，決心要畫下那道奇蹟之光。
鐵炮池的神祕冰柱與火箭隊的伏擊
眾人根據線索來到早已乾涸的鐵炮池，驚訝地發現池中矗立著許多巨大的神祕冰柱。一直追蹤小智一行的火箭隊此時現身，並成功搶走了皮卡丘。為了不讓戰鬥破壞這片具有神聖意義的土地，老畫家洛霍挺身而出，派出了他的搭檔妙蛙花。儘管妙蛙花已略顯老態，但實力依然強勁，僅憑驚人的蠻力與威力強大的「陽光烈焰」，便將火箭隊擊退，救回了皮卡丘。
虹色天空的真相與生態奇蹟
隔日清晨，真相終於大白。成千上萬的鐵炮魚突然從乾涸的泥土中現身，牠們集體使出「水槍」與「冷凍光束」，合力建造出巨大的冰柱。當清晨的陽光照射在冰柱融化所產生的水蒸氣上時，光線產生折射，便形成了壯麗的「虹色天空」。隨後，不甘心的火箭隊試圖用大網捕撈大量發生的鐵炮魚，但鐵炮魚們發揮了群體守護的精神，合力將火箭隊再次炸飛。
自然的啟示與未來的希望
喬伊小姐解釋，這些鐵炮魚多年來一直潛伏在泥土中互相扶持，直到時機成熟才會大量發生並遷徙往大海。洛霍先生雖然最終因色彩過於豐富而沒能在紙上完成畫作，但他感悟到這道美景與寶可夢的生命力已深刻留在他的心中。這趟旅程讓小智一行人見識到了寶可夢生態的深奧與自然界的不可思議，隨後他們便告別了眾人，繼續向著淺蔥市前進。