初遇蓮葉童子與花店姊妹
小智、小遙、小勝與小剛在前往下一個道館的旅途中，來到一處風景優美的湖泊戲水，在那裡遇見了大量棲息於此的「蓮葉童子」。隨後，一位名叫奈緒子的少女出現，指責眾人不該在湖中游泳。在她的引領下，一行人來到了由三姊妹共同經營的「好漂亮花店」。花店的大姊紀珂與二姊麗子親切地接待了他們，並邀請大家品嚐美味的橙橙果派。小剛一如往常地對紀珂與麗子表現出極大的熱情，而最小的妹妹奈緒子則對小剛身為寶可夢培育家的專業與溫柔產生了好感。
樹果果園的教導與灑水危機
三姊妹帶領小智一行人參觀果園，詳細介紹了各種樹果的功效，包括能消除疲勞的橙橙果、解毒的桃桃果、辛辣的茄番果，以及能讓寶可夢充滿活力的文柚果。由於果園的灑水系統故障，當地的蓮葉童子群主動協助噴水灌溉。其中一隻蓮葉童子的反應特別遲鈍且總是跟不上節奏，但小剛並沒有嫌棄，反而耐心地教導牠如何調整姿勢。這份對寶可夢的愛心讓奈緒子深受感動，她為了回報小剛，決定獨自進入森林尋找稀有的文柚果送給他。
火箭隊的陰謀與森林營救
與此同時，飢寒交迫的火箭隊原本誤食辛辣的茄番果而痛苦不已，隨後發現了蓮葉童子群。喵喵提議捕捉所有蓮葉童子獻給坂木老大，作為早晨盥洗的專屬助手，以此換取晉升機會。另一方面，奈緒子在森林中找到了文柚果，卻不慎驚動了大針蜂群。危急時刻，小剛及時趕到並派出佛烈托斯使用高速旋轉救下奈緒子。此時，火箭隊駕駛機械抓走了大批蓮葉童子，場面一度陷入混亂。
反擊與新夥伴的加入
那隻反應遲鈍但對小剛產生信賴的蓮葉童子，與皮卡丘合力發動奇襲，成功破壞了火箭隊的捕捉網，釋放了所有同伴。最後在皮卡丘的十萬伏特攻擊下，火箭隊再次化作流星消失在天際。事件平息後，奈緒子將整理好的樹果清單送給小剛作為紀念。在眾人準備啟程前往卡那茲市時，那隻蓮葉童子主動表示想跟隨小剛。在得到紀珂的同意後，小剛正式收服了蓮葉童子，隊伍增添了一名個性獨特的新成員。