前往華藍市與小霞的異常表現
小智與小剛、小霞一行人持續旅行，小智的下一個目標是前往華藍市挑戰華藍道館。然而，一向活潑的小霞卻表現得異常排斥，不僅編造出「華藍市有恐怖幽靈寶可夢」的謊言，還試圖誘導小智改去枯葉市，但小智仍堅持前往。抵達華藍市後，眾人發現當地發生了一起奇怪的竊案，君莎小姐正在調查失竊的大型引擎與巨型水管。此時小霞突然消失，小剛也因有事暫時離隊，小智只好帶著皮卡丘獨自前往道館。
華藍道館的秘密與三姊妹
小智找到了華藍道館，卻驚訝地發現這裡看起來像一座水族館，內部正在進行華麗的水中芭蕾表演。表演者是號稱「華藍美人三姊妹」的櫻花、菖蒲與牡丹。小智在表演後提出挑戰，三姊妹卻表示她們的寶可夢剛被來自真新鎮的三位訓練家（包括小茂）慘敗，目前都在住院中，只剩下一隻沒有戰鬥力的角金魚。為了省事，她們打算不進行對戰，直接把「藍色徽章」送給小智。
小霞的身世與道館對決
就在小智猶豫是否要收下徽章時，小霞突然現身阻止，這才揭曉她其實是華藍道館的親四妹。三姊妹嘲笑小霞是「出聲餘下的殘次品」，小霞為了守護道館名譽，決定親自擔任道館館主與小智對戰。對戰採取二對二形式，然而皮卡丘因為與小霞感情太好，拒絕上場戰鬥。小智只好改派巴大蝶對抗小霞的海星星，雖然巴大蝶使用了睡眠粉，但小霞機智地讓海星星潛入水中清洗，並將巴大蝶擊退。隨後小智派出比比鳥對抗寶石海星，正當戰鬥進入白熱化時，意外卻發生了。
火箭隊的亂入與徽章的歸屬
火箭隊（武藏、小次郎、喵喵）駕駛著利用偷來的引擎與管線製成的巨型真空吸塵機闖入道館，企圖吸乾池水並搶走所有水系寶可夢。危急時刻，皮卡丘施展強大的「十萬伏特」，電力透過管線與水面迅速傳導，將火箭隊炸飛。戰鬥結束後，櫻花認為是皮卡丘救了道館，且如果小智一開始就派出皮卡丘，小霞根本沒有勝算，因此判定小智獲得勝利，正式贈予他藍色徽章。儘管小霞與小智依然吵吵鬧鬧，小智還是成功拿到了第二枚徽章，一行人繼續朝向未來的目標邁進。