與菜種的意外重逢
小智、小光與小剛在前往帷幕市的途中，抵達了田奇鎮。在那裡，他們巧遇了正在舉辦寶可夢對戰推廣活動的百代道館館主——菜種。一向對草屬性寶可夢毫無抵抗力的菜種，一見到火箭隊小次郎的沙漠奈亞便興奮地擁抱上去。為了向鎮上的孩子們示範對戰，菜種提議由她與小次郎組成搭檔，與小智和小光進行一場雙打示範賽。
雙打對戰與吸收拳的契機
對戰由菜種的草苗龜搭配小次郎的沙漠奈亞，對抗小智的長尾怪手與小光的帕奇利茲。在對戰過程中，菜種察覺到沙漠奈亞擁有極佳的素質，便大膽指示牠使出尚未學會的新招式「吸收拳」。雖然沙漠奈亞在關鍵時刻成功施展了一次並展現驚人威力，但隨後卻因為與小次郎的默契不足以及未完全掌握竅門而失敗，最後由小智與小光獲得勝利。賽後，菜種私下向小次郎提議，希望由她來帶領沙漠奈亞，讓牠的才能得以發揮。
艱苦的特訓與內心的糾葛
小次郎雖然口頭拒絕了菜種，但內心卻開始動搖。沙漠奈亞為了回應小次郎的期待，展現出強烈想學會「吸收拳」的意志。小智受到他們的熱情感動，帶著皮卡丘一同協助進行特訓。然而，無論經過多少次嘗試，沙漠奈亞始終無法穩定使出招式。看著沙漠奈亞遍體鱗傷仍不願放棄的身影，小次郎開始反思：跟著身為惡徒的自己，是否真的能讓沙漠奈亞獲得幸福？如果交給身為道館館主的菜種，沙漠奈亞是否能變得更強？
為了未來的痛苦離別
在夕陽餘暉下，小次郎看著依然在努力的沙漠奈亞，終於下定決心。他明白為了伙伴的成長，自己必須放手。小次郎強忍著淚水，正式向菜種提出請求，將沙漠奈亞託付給她。在一片感傷的氣氛中，小次郎獨自跑向遠方，回憶起與沙漠奈亞一路走來的點點滴滴，雖然充滿了淚水，但這也是他為了摯愛伙伴所做出的最溫柔的決定。沙漠奈亞正式加入菜種的隊伍，開啟了全新的旅程。