尋找極品蜂蜜的旅程
小智、小光與小剛為了幫助尋寶者芽米找到傳說中的「極品蜂蜜」，在百代森林中繼續展開冒險。在芽米的ミノムッチ進化成紳士蛾後，眾人依靠紳士蛾敏銳的嗅覺引路，希望能藉此找到隱藏在森林深處的「琥珀之城」。然而，尋寶之路並非一帆風順，紳士蛾起初誤將眾人帶往芽米先前塗抹甜甜蜜的樹木，以及散發強烈氣味的臭臭花所在地。
與草屬性專家菜種的邂逅
在追逐紳士蛾的過程中，小智一行人遇到了熱愛草屬性寶可夢的訓練家菜種。菜種對草屬性寶可夢展現出近乎瘋狂的喜愛，甚至在見到小智的草苗龜時表現得異常興奮。小剛見到美麗的菜種便上前搭訕，卻隨即被他的不良蛙以「毒擊」制止並拖走。隨後，菜種向小智提出二對二的寶可夢對戰，小智也欣然接受，想藉此作為挑戰百代體育館前的特訓。
速度的震撼：草苗龜對草苗龜
對戰開始，菜種先派出櫻花寶對抗小智的草苗龜，在觀察完小智的實力後將其收回，改派自己的草苗龜上場。雖然小智的草苗龜以速度見長，但菜種的草苗龜卻展現出更勝一籌的瞬發力與閃避技巧，在當身閃過攻擊後以「寄生種子」奪取體力，最終擊敗了小智的草苗龜。接著，小智派出姆克鳥試圖利用屬性優勢挽回局勢，沒想到菜種的草苗龜速度快到能避開「燕返」，並以強大的「葉暴風」將姆克鳥擊落。小智在這場戰鬥中完敗，深切體會到實力的差距。
火箭隊的亂入與菜種的瘋狂
戰鬥結束後，火箭隊現身並企圖搶奪紳士蛾。然而，菜種的反應卻令眾人傻眼——她完全無視危險，反而被小次郎的尖牙籠與刺球仙人掌深深吸引，甚至任由尖牙籠咬住她的頭、讓刺球仙人掌對她使用「導彈針」，只為了感受草屬性寶可夢的魅力。最後，在菜種的草苗龜與小智的皮卡丘聯手下，眾人成功擊退了火箭隊。菜種隨後指點芽米，只要找到「三蜜蜂之牆」與特定的扎羅克花，就能接近琥珀之城。
邁向琥珀之城
就在眾人抵達扎羅克花盛開的區域時，菜種接到連絡用的草苗龜（或コノハナ）訊息，表示有急事必須先行離開。臨行前，她鼓勵小智繼續努力，並暗示兩人不久後會再見面。隨後，紳士蛾對周遭環境產生強烈反應，眾人終於發現了三蜜蜂的身影。在無數三蜜蜂的引導下，琥珀之城的輪廓似乎就在不遠處，這場尋寶冒險也即將進入最高潮。