迷霧中的神祕身影與抵達若葉鎮
小智、小霞與小剛一行人朝著城都聯盟的目標前進，就在進入第一個目的地「若葉鎮」之前，他們在濃霧森林中迷了路。在濃霧之中，皮卡丘與波克比似乎看見了一個神祕且美麗的寶可夢身影，雖然小智試圖追上去，但最終還是跟丟了。不久後，濃霧散去，眾人終於看見了城鎮，抵達了被稱為「宣告起始之風吹過的小鎮」的若葉鎮，小智熱血沸騰地宣示他的城都之旅正式展開。
空木博士的研究室與小鋸鱷失竊事件
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也因為迷霧誤打誤撞來到了一座建築物，那正是空木博士的研究室。當時專注於研究的空木博士竟然將武藏誤認為來訪的喬伊小姐，並糊里糊塗地將預計要交給新手訓練家的小鋸鱷交給他們進行健康檢查。火箭隊見機不可失，立刻帶著小鋸鱷逃跑。當小智一行人前往寶可夢中心準備參加城都聯盟的登錄手續時，發現喬伊小姐不在，隨後在君莎小姐的帶領下趕往空木博士的研究室，才得知小鋸鱷被盜的消息。
空木博士與大木博士的師徒淵源
在研究室中，空木博士向小智介紹了城都地區提供給新手訓練家的三隻寶可夢：草系的菊草葉、火系的火球鼠以及水系的小鋸鱷。空木博士提到他曾是大木博士的學生，兩人不僅是師徒也是學術上的對手。小智對於小鋸鱷被偷走感到非常感同身受，想起自己當初旅程起點的激奮，於是主動請纓協助君莎小姐一同尋找失竊的小鋸鱷。
奪回小鋸鱷！小智展現資深訓練家的實力
君莎小姐利用卡蒂狗敏銳的嗅覺鎖定了火箭隊的位置。面對企圖將小鋸鱷據為己有的火箭隊，小智展現出資深訓練家的實力，先後派出妙蛙種子使用藤鞭纏繞，以及噴火龍驅散雙彈瓦斯的煙幕。隨後傑尼龜也以水槍支援。在一番激烈的對決後，妙蛙種子成功從小次郎手中奪回小鋸鱷。最後，皮卡丘與小智的寶可夢們發動總攻擊，再次將火箭隊擊飛，順利找回了被盜的小鋸鱷。
城都聯盟登錄完成，朝第一座道館出發
回到研究室後，空木博士與大木博士透過視訊通話聊起了學術話題，兩人聊得渾然忘我。在喬伊小姐的協助下，小智終於順利完成了城都聯盟的參加登錄手續，並拿到了冒險手冊。得知距離最近的道館位於桔梗市的桔梗道館後，小智帶著滿腔鬥志，與夥伴們告別了空木博士與君莎小姐，正式向桔梗市進發。在他們離去的背後，胖丁也悄悄地出現在草叢中，預示著接下來的旅程依然熱鬧非凡。