小智的回家與植物園的造訪
在真新鎮的家中，小智為了即將到來的寶可夢聯盟進行自主訓練，卻因為懶散而在大白天睡覺。媽媽花子為了讓他活動筋骨，安排他去幫忙藥草園的工作。小智為了躲避家務，藉口要去山上進行瀑布修煉，花子便順勢要求他順路前往「村雨植物園」幫忙帶回大量的藥草。小智、小霞與小剛來到植物園後，遇見了負責人莉安（リンドウ）以及她的助手岩風。
臭臭花的進化煩惱與偽造石頭的真相
在溫室探險時，小智的妙蛙種子不慎吸入了強效「麻痹草」的花粉而動彈不得，幸好莉安的臭臭花利用具有免疫力的花蜜救了它。莉安向小智一行人透露了她的苦惱：根據村雨家的家訓，繼承人必須讓草屬性寶可夢進化才能獨當一面，但她的臭臭花無論使用什麼「葉之石」都無法進化成霸王花，這讓她深感自責。此時，大木博士突然現身，並指出莉安手中持有的葉之石其實是偽造品，這才揭穿了背後是火箭隊在到處販售假石頭詐財。
火箭隊的奇襲與皮卡丘被捕
火箭隊隨後現身，並坦承他們不僅販售假石頭，還偷走了植物園的麻痹草。武藏、小次郎與喵喵利用從植物園偷來的植物，研製出了強力的「麻痹草炸彈」，炸彈產生的花粉讓小智一行人與寶可夢們瞬間全身麻痺無法動彈。火箭隊趁虛而入，成功抓走了無法反擊的皮卡丘。
臭臭花的奮戰與意外的告白
在大家陷入絕望之際，唯一擁有免疫力的臭臭花挺身而出。雖然莉安一開始對戰鬥缺乏信心，但在小剛的強力鼓勵下，她終於指揮臭臭花發動攻擊。臭臭花展現了驚人的實力，先以「影子分身」將火箭隊耍得團團轉，最後更使出威力巨大的「陽光烈焰」直接將火箭隊擊飛，順利救回皮卡丘。戰鬥結束後，莉安意識到自己的臭臭花在她的愛心呵護下已經成長得非常強大，不再執著於進化。最後，莉安鼓起勇氣向一直陪伴她的岩風告白，兩人決定共同守護植物園。這讓期待愛情的小剛再次心碎，而小智雖拿到了藥草，卻也發現自己又混過了一天沒練到功。