特訓與美洛耶塔的戰鬥現身
在合眾地區撒扎那米鎮的竹蘭別墅中，小智與天桐正在為即將到來的合眾聯盟進行特訓。小智的水水獺與天桐的花椰猴展開激戰時，一直在一旁觀戰的美洛耶塔被大家的鬥志感染，變換成「舞步形態」加入戰鬥。隨後，小智派出流氓鱷與美洛耶塔進行練習賽。美洛耶塔展現出強大的戰鬥力，以近身戰抵擋流氓鱷的尖石攻擊，讓小智讚嘆不已。與此同時，火箭隊的坂木老大正式宣告「暴風雨計畫」進入最終階段，目標直指美洛耶塔。
守護者拉里的出現與真相
正當特訓進行時，一名男子拉里帶著泥偶巨人從天而降，誤認小智等人為企圖綁架美洛耶塔的惡徒而發起攻擊。經過美洛耶塔的調停，誤會終於解開。拉里解釋自己是古代傳承下來的「守護者」，世世代代守護著美洛耶塔。他透露不久前火箭隊襲擊了他們的隱居地，導致美洛耶塔在混亂中失蹤。拉里憑藉著守護者特有的感應力找到了這裡，並警告火箭隊絕不會輕易罷手，必須立刻帶著美洛耶塔轉移到安全的場所。
火箭隊的全面襲擊與坂木親自出馬
就在眾人準備撤離時，火箭隊的大批隊員帶著隆隆岩與鑽角犀獸包圍了別墅。拉里指揮泥偶巨人殿後，讓小智帶領美洛耶塔逃走。然而，武藏、小次郎與喵喵也隨後追擊，並利用特殊裝置鎖定了隱形的美洛耶塔。在混亂中，火箭隊的首領坂木老大親自帶著貓老大現身攔截。坂木以小智與皮卡丘的性命威脅美洛耶塔，為了保護夥伴，美洛耶塔被迫放棄抵抗，最終與小智、皮卡丘一同被火箭隊俘虜並帶往大海中央。
海底神殿的浮現與古代封印解除
火箭隊將美洛耶塔帶到了位於海底的神殿——沉沒遺跡。在賽格博士的引導下，坂木利用美洛耶塔對小智等人的牽絆，迫使她在神殿中心唱出解開古代封印的特定旋律。隨著美洛耶塔悲傷的歌聲響徹大海，整座巨大的神殿從海面下緩緩升起，最終解開了傳說中的祕寶「現形鏡」的封印。竹蘭與拉里隨後趕往現場救援，但坂木已經掌握了足以操控自然力量的關鍵，合眾地區即將迎來史上最大的危機。