抵達終結之洞與神祕的感應
小智一行人為了前往映雪市，在翔太的建議以及小軟（基格爾德·核心）的強烈引導下，來到了神祕的「終結之洞」。進入這座早已廢棄的礦坑後，柚莉嘉發現這裡棲息著阿利多斯、壺壺與可多拉等大量寶可夢。然而，一向安靜的小軟進入洞穴後突然表現得異常急躁，隨即獨自往洞穴深處奔去。小智等人擔心小軟的安危，立刻展開追逐。
深處的追逐與閃焰隊的伏擊
為了在複雜的洞窟中尋找小軟，小智派出嗡嗡蝠利用超音波探路，希特隆也派出倫琴貓利用透視能力協助搜尋。與此同時，小軟獨自來到充滿能量的結晶處，與遠方的另一個核心「Z2」進行感應通訊。然而，閃焰隊的幹部芭菈與柯雷雅早已率領部下在洞內埋伏，利用精密的熱能與波動感應器鎖定了小軟（Z1）的位置。火箭隊三人組也尾隨在後，企圖在亂局中搶奪皮卡丘與神祕的小軟。
小軟的力量爆發與基格爾德形態轉換
閃焰隊發動攻擊，利用龍王蠍、劈斬司令及戴魯比等寶可夢包圍小智一行人。面對閃焰隊強硬的捕捉行動，小智、莎莉娜與希特隆分別派出甲賀忍蛙、長尾火狐與倫琴貓奮力抵抗。危急時刻，小軟為了守護與柚莉嘉的約定以及同伴的安全，感應了散布在洞窟內的無數「細胞」進行合體，變成了基格爾德·10%形態。變身後的小軟展現出壓倒性的力量，使出威力強大的招式重創閃焰隊，隨即在光芒中再度消失。在戰鬥過程中，小智再次感受到了與甲賀忍蛙感官同步的神祕現象，彷彿自己也投身於戰場之中。
撤退後的餘波與堅定的牽絆
戰鬥結束後，閃焰隊因目標消失而暫時撤退，但她們意識到小智一行人與小軟之間有著深厚的聯繫，決定將他們列為重點標記目標。火箭隊也在放下一番狠話後離去。雖然小軟為了保護大家免受閃焰隊追捕而選擇隱藏蹤跡，但柚莉嘉堅信小軟是他們不可取代的朋友，並承諾一定會再次找到它。一行人懷著對小軟的掛念與對Ｚ謎團的疑問，繼續踏上了旅程。