前往紫菫道館與意外的變故
立志參加豐緣聯盟的小智、皮卡丘與小遙、小剛、小勝一行人，來到了紫菫市準備挑戰第三個道館——紫菫道館。沒想到這座道館充滿了機關，像是遊樂園般的設施讓眾人吃了不少苦頭。在進入道館內部前，一隻巨大的雷公突然出現並發動攻擊，小智立刻指揮皮卡丘應戰。在破壞了這隻機械雷公後，皮卡丘卻意外地吸收了機械裝置中大量的電力，身體產生了異樣的超強帶電狀態。
壓倒性的道館戰鬥
道館館主鐵旋帶著助手瓦特現身，豪爽地歡迎小智的挑戰。道館戰採取三對三形式，鐵旋依序派出了小磁怪、霹靂電球以及三合一磁怪。由於皮卡丘正處於電力過飽和的巔峰狀態，竟然以壓倒性的力量，分別對這三隻寶可夢使出一擊必殺的電擊技，迅速贏得了比賽。雖然小智順利獲得了電力徽章，但鐵旋卻因為這場史無前例的慘敗而意志消沉，甚至開始懷疑自己作為館主的實力，決定悄悄離開道館。
皮卡丘的異狀與鐵旋的消沉
戰鬥結束後，皮卡丘突然發起高燒倒下，眾人趕緊將牠送到寶可夢中心。喬伊小姐檢查後發現，皮卡丘是因為在道館入口吸收了過量的電力，才導致技能威力異常強大，這也對其身體造成了沉重負擔。得知真相的小智感到內疚，希望能向鐵旋解釋清楚。此時，瓦特告知大家鐵旋留下一封信，表示要「切斷自己的斷路器（引退）」，並前往島上的無人發電廠散心。在發電廠，鐵旋遇到了一隻野生的落雷獸，並在相處中漸漸找回了笑容。
守護無人發電廠與真正的認可
火箭隊三人組看中了無人發電廠作為祕密基地，並打算抓走這裡所有的電屬性寶可夢獻給老大。小智一行人趕到現場與鐵旋會合，雙方展開合作對抗火箭隊。在戰鬥中，鐵旋利用發電廠內的機械雷公初號機吸引火箭隊的注意力，小智則指揮恢復健康的皮卡丘與落雷獸聯手。最終，在皮卡丘與落雷獸的精彩配合下，成功將火箭隊擊飛，守護了發電廠的和平。
重拾信心的館主與新的約定
戰鬥結束後，小智主動向鐵旋說明皮卡丘是因為超量帶電才贏得比賽，並打算歸還電力徽章。然而鐵旋拒絕收回，他認為小智在守護寶可夢時展現的勇氣與實力，絕對配得上這枚徽章。鐵旋也決定收服這隻落雷獸，重新開始他的電擊人生與館主職責。雙方立下約定，等落雷獸變強之後，一定要再進行一場真正的對戰。小智順利取得了第三枚徽章，帶著全新的目標繼續踏上豐緣地區的旅程。