Ｚ招式的震撼與火箭隊的野心
在寶可夢學校的課堂上，庫庫伊博士帶領學生複習Ｚ招式的知識。小智與皮卡丘、卡奇與爆焰龜獸分別展示了強大的Ｚ招式「終極伏特狂雷閃」與「超強極限爆焰」。躲在暗處偷看的火箭隊三人組被Ｚ招式的驚人威力和華麗特效所震撼，決定在阿羅拉地區展開尋找Ｚ純晶的行動。小次郎利用改裝的探測器，驚覺附近就有強烈的Ｚ純晶反應。
與骷髏隊的狹路相逢
火箭隊循著訊號來到一座岩山，發現了鑲嵌在岩壁上的「惡Ｚ」。然而，守護純晶的是成群的小拉達以及體型巨大的霸主寶可夢——拉達（阿羅拉的樣子）。就在此時，阿羅拉地區的小混混組織「骷髏隊」的塔波、拉璞與阿資也為了尋找甜點店而誤闖此地。雙方為了爭奪惡Ｚ純晶與霸主寶可夢的擁有權，爆發了激烈的口角與鬥志，並約定誰先拿到純晶，另一方就要成為對方的部下。
激戰霸主寶可夢與純晶爭奪戰
火箭隊率先發動攻勢，利用大量的樹果與引誘粉末試圖引開小拉達群。骷髏隊則想趁機坐收漁翁之利，指派灰塵山、超音蝠與夜盜火蜥發動攻擊，卻反被霸主拉達輕易擊潰。混戰之中，火箭隊的謎擬Ｑ展現出恐怖的戰鬥力，以強力的「木槌」招式正面重擊霸主拉達，成功將其擊敗。趁著混亂，喵喵衝向岩壁，搶在骷髏隊之前成功奪取了「惡Ｚ」。
遺憾的落幕與未來的挑戰
獲得勝利的火箭隊正準備收編骷髏隊作為部下時，卻被突然出現的穿著熊強行抱走，讓骷髏隊得以趁機逃脫。回到巢穴後，火箭隊三人組興奮地嘗試發動惡屬性的Ｚ招式，然而由於他們既沒有正統的Ｚ手環，也不清楚正確的動作與心法，喵喵無論如何擺出姿勢都無法引發任何能量反應。儘管如此，這場勝利依然讓火箭隊在阿羅拉地區的勢力跨出了一大步。