帥哥的危機與喵喵的求助
故事開端，國際警察帥哥在多多羅鋼鐵廠遭到銀河隊幹部朱庇特及其手下的追捕，處境危急。與此同時，正往濱海市前進的小智、小光與小剛在苑之鎮休息，得知下一場華麗大賽將在淺月鎮舉行，且為小光想再次挑戰的雙人表演賽。此時，受傷嚴重的火箭隊喵喵突然出現，透露武藏和小次郎為了潛入銀河隊基地救出帥哥，結果不敵銀河隊強大的實力而遭到俘虜，只有喵喵設法逃脫求救。小智一行人決定暫時放下敵對關係，與喵喵一同前往多多羅鋼鐵廠進行營救工作。
銀河隊的陰謀與紅色鎖鏈
在鋼鐵廠內部，銀河隊的新成員冥王老頭與朱庇特正利用從百代市奪取的隕石能量，成功修復並製造出傳說中的物品「紅色鎖鏈」。另一邊，首領赤日與幹部伙星則在天冠山指揮部隊，成功發現了通往「槍之柱」的入口。帥哥雖然與武藏、小次郎被關在同一個電能牢籠中，但他身為國際警察的使命感讓他意識到銀河隊正在進行一場足以毀滅世界的恐怖計畫，即便身陷囹圄仍試圖收集情報。
被選中的少年少女與激戰
小智一行人抵達鋼鐵廠後，與朱庇特展開正面交鋒。朱庇特在戰鬥中語出驚人地提到，小智、小光與小剛分別在不同的湖泊看過艾姆利多、亞克諾姆與由克希的靈魂（意志），這代表他們是被湖之眾神「選中的人」。儘管皮卡丘、波加曼與帕奇利茲奮力戰鬥，銀河隊依然在達成製造目的後搭乘直升機撤離。小智等人成功救出帥哥與火箭隊，但朱庇特在現場故意留下了一塊「紅色鎖鏈」的殘片，引發了後續的危機。
惡毒的陷阱與獵人J的介入
帥哥獲救後，會同君莎小姐與鑑識課員試圖分析該殘片，並將數據傳回國際警察本部。然而，這卻是銀河隊預先設下的電子病毒陷阱，導致國際警察總部關於銀河隊的資料庫被徹底摧毀。與此同時，赤日決定啟動計畫的最終階段，他正式聯絡了惡名昭彰的「寶可夢獵人J」，委託她捕獲湖中的三隻傳說寶可夢——艾姆利多、亞克諾姆與由克希。隨著關鍵物品全部到位，銀河隊創造新世界的野心即將引發一場席捲全神奧地區的巨大災難。