火箭隊的陰謀與小智一行的脫困
接續上一集的劇情，小智、小霞與小剛被火箭隊的辰己隊長抓獲，並關押在研究基地內。此時，席拉奴博士正計劃將捕獲的紅色暴鯉龍運往總部，以進一步完善其「進化促進電波」。而被困的小智三人，在皮卡丘與波克比醒來後，遭遇了武藏、小次郎與喵喵的挑釁。儘管皮卡丘因電波影響尚未完全恢復體力，小智仍機智地派出火球鼠使用「噴煙」掩護，成功趁亂逃出囚室。就在此時，為了深入調查而潛入基地的四天王冠軍兼寶可夢搜查官阿渡，帶著快龍及時現身，不僅救下了被阿柏怪阻攔的小智一行，更讓快龍使用「破壞光線」徹底摧毀了火箭隊的實驗基地。
紅色暴鯉龍的大鬧與混戰
在運輸途中，受電波影響被迫進化的紅色暴鯉龍突然甦醒，狂暴的力量導致火箭隊的運輸直升機失事，暴鯉龍掉入河流並順流朝著卡吉鎮前進。小智一行與阿渡趕往現場，試圖平息暴鯉龍的怒火。然而，辰己隊長現身阻撓，派出大嘴雀軍團與阿渡的快龍展開激烈的空中對決。另一邊，武藏、小次郎與喵喵異想天開，試圖利用捕獲網抓走暴鯉龍，卻反被暴鯉龍的蠻力甩飛，最後被恢復體力的皮卡丘以「十萬伏特」送上天空。
冰之健身教練柳伯的現身
瘋狂大鬧的紅色暴鯉龍即將衝入卡吉鎮中心，小智試圖以真心感化牠，卻被隨後趕來的卡吉市體育館館主柳伯制止。柳伯派出白海獅使用「冷凍光束」凍結河流，強行擋住了暴鯉龍的去路。柳伯對於小智提出的「寶可夢是朋友」的觀點嗤之以鼻，認為這種天真的想法只會讓周遭陷入危險。雖然暴鯉龍被暫時阻攔而轉向，但憤怒仍未消退，牠與阿渡的對峙也隨之展開。
阿渡的決斷與收服
阿渡深知若不平息暴鯉龍的憤怒，悲劇將無法停止。他指揮快龍以「電磁波」與「龍捲風」等招式消耗暴鯉龍的體力，並表示願意承擔暴鯉龍所有的痛苦與悔恨。最終，阿渡使用「破壞光線」抵消了暴鯉龍的攻擊，並看準時機投出精靈球，成功收服了這隻紅色的暴鯉龍。隨後，君莎小姐帶領警方趕到，將席拉奴博士與辰己等火箭隊成員悉數逮捕。
事件落幕與新的挑戰
事件平息後，阿渡與小智一行告別，並承諾會像對待快龍一樣，將這隻紅色暴鯉龍視為重要的夥伴悉心培育。小智雖然對於柳伯的冷酷態度感到困惑，但仍決定前往卡吉市體育館進行第七個徽章的挑戰。隨著阿渡乘著快龍遠去，卡吉鎮暫時恢復了和平，但小智與柳伯之間的價值觀碰撞，預示著接下來的體育館之戰將充滿變數。