洛奇亞父子的危機與南波博士的野心
故事延續上一集，小智、阿弘、小霞與小剛在救助幼年洛奇亞「小銀」的過程中，不幸遭到火箭隊南波博士率領的部隊俘虜。南波博士計畫利用他發明的「南波五號」裝置，透過強制引發寶可夢的怒氣來大幅提升力量，藉此抽取洛奇亞父子的能量供其研發新能源。他不僅抓住了洛奇亞母子，還打算對小智的皮卡丘與阿弘的皮卡丘「雷恩」施加同樣的殘酷實驗。南波博士狂妄地宣稱寶可夢只是為人類奉仕的工具，這讓小智一行人感到無比憤怒。
混亂的救援與火箭隊內鬥
正當眾人陷入困境時，先前與小智一行人行動的少年修一，在原本想搶功勞的火箭隊三人組（武藏、小次郎、喵喵）的「暗中協助」下，成功潛入實驗室。三人組為了不讓亞馬多與小三郎獨佔功勞，故意告知修一牢房的密碼，引發基地大混亂。小智一行人脫困後，與前來攔截的亞馬多及小三郎展開對戰。小智與阿弘展現卓越的默契，指使皮卡丘與雷恩精準擊毀了戰舞郎與戴魯比頭上的怒氣裝置，成功扭轉戰局。同時，兩組火箭隊人馬也在混亂中發生爭執與對戰，最終因果然翁的「表面塗層」引發大爆炸，兩組人馬雙雙被炸飛。
信任的力量與電擊獸的對決
小智與阿弘趕到安置小銀的房間，南波博士親自帶著裝有怒氣裝置的電擊獸應戰。這隻電擊獸在裝置的作用下力量驚人，不僅能發動強力的「雷電拳」，還能利用「光牆」阻擋攻擊。南波博士堅信憤怒才是力量的來源，但小智與阿弘反駁，認為唯有「信任」才能發揮最強的力量。兩人採取時間差戰術，由皮卡丘吸引注意，雷恩則趁隙摧毀南波博士手中的控制裝置。失去裝置後，兩隻皮卡丘合力使出強大的「十萬伏特」擊敗電擊獸，徹底粉碎了南波博士的野心。
守護約定與洛奇亞的離別
隨著基地毀滅警報響起，小智等人迅速救出小銀。此時，憤怒的洛奇亞母親因不信任人類而持續暴走，但在看到小銀平安歸來，並感受到小智一行人真誠的守護後，終於恢復冷靜。在基地即將崩塌的危急時刻，洛奇亞母子施展「神秘守護」保護了眾人，讓大家能平安逃離海中基地。最後，在修一與盧卡的目送下，洛奇亞父子重回深海生活。小智與阿弘也在港口約定未來再次對戰後道別，一行人繼續朝著淺黃市邁進。