火箭隊的失誤與暴走的威脅
故事開端，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵企圖捕捉一隻正在睡覺的強大寶可夢——暴飛龍。他們打算利用特製的「催眠機器」讓暴飛龍陷入沉睡後將其收服，並以此來對抗小智一行人奪取皮卡丘。然而，催眠機器在關鍵時刻發生故障，不但沒有讓暴飛龍睡著，反而因機器的異常運作讓暴飛龍陷入極度的痛苦與混亂之中，導致牠開始無差別地狂暴攻擊，火箭隊也因此被打飛。
來到寶可夢中心的驚喜與擔憂
小智、莎莉娜、希特隆與尤莉嘉在旅行途中來到當地的寶可夢中心。在那裡，他們遇見了一隻非常特別的胖可丁。這隻胖可丁是剛加入寶可夢中心不久的新人助手，性格非常冒失且笨手笨腳，在迎接小智一行人時就不斷跌倒並搞砸雜務。儘管喬伊小姐一直溫柔地鼓勵牠，但胖可丁卻因為自己的失誤而不斷感到沮喪。此時，救護車送來了多隻受傷的寶可夢，據附近的培育家所說，這些傷勢都是由一隻突然發狂的暴飛龍造成的。
胖可丁的傳說與希特隆的發明
在寶可夢中心休息時，尤莉嘉發現了一本繪本，講述了卡洛斯地區古老的傳說：曾經有大量的沙漠蜻蜓集體發狂暴走，當時有一隻胖可丁憑藉著自身的勇氣與溫柔的力量平息了騷亂，並治癒了所有受傷的寶可夢。這就是為什麼在卡洛斯地區，胖可丁會成為喬伊小姐得力助手的原因。聽完傳說後，希特隆為了幫助沮喪的新人胖可丁打起精神，拿出了一台名為「幹勁滿滿機器」的發明，卻因為效果過於激進而再次以失敗告終。
火箭隊的偷襲與雙重危機
此時，火箭隊喬裝成醫護人員潛入寶可夢中心，趁亂偷走了皮卡丘與胖可丁。在逃跑途中，火箭隊再次遇到了那隻因機器故障而陷入暴走狀態的暴飛龍。暴飛龍強大的攻擊力讓火箭隊的熱氣球墜落，也讓皮卡丘與胖可丁脫困。趕到現場的小智等人發現暴飛龍的額頭上貼著火箭隊留下的催眠機器，這正是導致牠痛苦暴走的主因。
新人胖可丁的覺醒與勇氣
面對狂暴的暴飛龍，喬伊小姐冒險接近想要安撫牠卻陷入險境。關鍵時刻，這隻平時笨拙的胖可丁挺身而出，擋在喬伊小姐面前。由於胖可丁擁有妖精屬性，這讓牠在面對暴飛龍的龍屬性招式時不會受到傷害。胖可丁回想起繪本中的精神，展現了強大的勇氣，持續承受攻擊並接近暴飛龍，最後成功施展「治癒波動」平息了暴飛龍的憤怒與痛苦。小智趁機破壞了暴飛龍額頭上的故障機器，危機終於化解。
建立自信與新的旅程
事件解決後，原本暴走的暴飛龍恢復了溫和的性格，火箭隊也再次被暴飛龍打飛。這隻新人胖可丁因為這次的表現獲得了喬伊小姐的認可與小智等人的讚賞，終於建立起自信心。在溫暖的告別聲中，小智一行人告別了這隻勇敢的胖可丁與喬伊小姐，繼續朝著下一個道館賽目標前進。