序幕：抵達淺紅市與神祕的邂逅
小智一行人為了挑戰下一個對戰開拓區設施「對戰水管」，來到了淺紅市附近的郊區。小遙一直悉心照料著手中的寶可夢蛋，滿心期待新生命的誕生。在抵達寶可夢中心後，小剛照例對喬伊小姐展開熱烈追求，卻被他的夥伴盆才怪因吃醋而阻止。隨後，小遙的傑尼龜因為好奇心驅使獨自跑開，小遙在尋找牠的途中，偶然來到一座荒廢已久且雜草叢生的舊火車站，並在那裡遇見了一位名叫阿邦的老奶奶。
過去的遺憾：無法傳達的心意
阿邦奶奶多年來一直在這座舊車站守候，等待著她的丈夫伊佐夫。隨後趕到的孫女久美子向小遙解釋了這段往事：數十年前，伊佐夫為了鑽研寶可夢醫療知識決定前往城市深造，但熱愛家鄉的阿邦不願離開。就在伊佐夫搭火車離去的那天，雨下得非常大，阿邦未能及時告訴丈夫自己已懷有身孕。傳聞伊佐夫在一年後因意外過世，但阿邦始終不願相信，深信只要下雪讓火車延誤，那天的一切或許就能改寫。她也提到以前車站旁的杉樹曾有電螢蟲與甜甜螢聚集發出「幸福之光」，但現在樹木枯萎，美景已不復見。
時空跳躍：改寫命運的雪
傑尼龜在車站附近的舊杉樹下挖掘，竟發現了阿邦當年遺落的重要墜子。此時，一直在旁偷聽並被故事感動流淚的喵喵也現身了。就在小遙接過墜子的瞬間，現場突然迸發出神祕的光芒，將小遙、傑尼龜與喵喵帶回了數十年前那個下雨的離別之日。小遙意識到自己回到了過去，為了不讓悲劇重演，她必須阻止伊佐夫離開。面對火車站長的阻撓，小遙突發奇想，讓傑尼龜對著雨雲施展「冰凍光束」，強行將雨水化作紛飛的大雪。
幸福之光：全新的未來
突如其來的大雪導致火車延誤出發，阿邦也因此及時趕到月台與伊佐夫相見，並告訴他懷孕的消息。受此感動的伊佐夫決定留下來，與阿邦共同守護家園。此時，杉樹周圍聚集了無數的電螢蟲與甜甜螢，牠們跳起求愛之舞，發出璀璨的「幸福之光」。隨著光芒再次閃耀，小遙與喵喵回到了現代，驚覺周遭景象已完全改變：荒廢的車站變成了繁榮的「伊佐夫與阿邦寶可夢培育屋」，而伊佐夫爺爺也健康地活著。
新生命的誕生：伊布加入
在改變後的時空中，伊佐夫爺爺與阿邦奶奶依然經營著培育屋。就在眾人相聚時，小遙手中的寶可夢蛋發出了光芒，在大家的祝福下，順利孵化成了伊布。雖然爺爺奶奶對小遙只有似曾相識的模糊印象，但看到他們一家重團圓且幸福的樣子，小遙感到無比欣慰。最後，眾人在滿山遍野的幸福之光環繞下，慶祝伊布的誕生，並準備啟程前往下一站「對戰水管」。