偶遇勁敵與前往研究所
小智、艾莉絲與天桐為了前往立湧市挑戰第八個道館，來到了一座港口城市。在前往碼頭的途中，艾莉絲的勁敵藍葛雷帶著她的雙倍多多冰突然出現。藍葛雷嘲諷艾莉絲仍未成為龍之大師，並透露自己正要前往「種子鐵球研究所」，尋找一種能提升寶可夢能力的特殊苔蘚。小智對此感到十分好奇，於是眾人決定隨同藍葛雷一起前往研究所參觀。
種子鐵球的生態與研究內容
來到研究所後，助手里雷帶領眾人參觀。他解釋種子鐵球會吸收岩石成分並轉化為苔蘚孢子從刺中放出，這些苔蘚產生的氧氣能營造優質環境。研究所的瑪佛羅博士致力於研究苔蘚的各種用途，包括建築材料與提升寶可夢能力。然而，當藍葛雷詢問是否有能提升冰屬性能力的苔蘚時，克雷表示目前尚未研發成功。就在此時，研究所內用於實驗「電氣石」成分的種子鐵球發生了異狀。
苔蘚異常增生與皮卡丘的異狀
研究所突然響起警報，三樓的實驗室噴發出大量的綠色苔蘚並以驚人的速度向外增生。皮卡丘不慎吸入了苔蘚孢子，隨即顯得虛弱無力且身體不適。隨後瑪佛羅博士趕回研究所，指出這些由吸收了過量電氣石能量的種子鐵球所產生的苔蘚，會對電屬性與地面屬性的寶可夢造成不良影響。此時，整座城市已被苔蘚覆蓋，許多電屬性寶可夢紛紛病倒，君莎小姐也出動維持秩序。為了緩解症狀，博士調配了由蘭薩果、芒果與白色香草組成的藥劑為皮卡丘治療。
冰屬性的反擊與解除危機
瑪佛羅博士分析發現，這些異常增生的苔蘚對冰屬性招式十分脆弱。由於研究所內沒有冰屬性寶可夢，藍葛雷挺身而出，指揮雙倍多多冰與凍原熊使用「冰凍之風」與「冰凍光束」開路。艾莉絲雖然害怕冰屬性，但也在此刻與藍葛雷展現了默契，協助眾人抵達三樓核心區域。在那裡，三隻種子鐵球因吸收過量電力而無法自控地持續產生苔蘚。小智讓康復的皮卡丘與天桐的泥巴魚同時吸收種子鐵球體內多餘的電力，終於成功阻止了苔蘚的增生。
騒動結束與新的旅程
危機解除後，皮卡丘與泥巴魚將吸收的電力排向空中，城市裡的苔蘚也由君莎小姐的舞天鵝群協助清理乾淨。瑪佛羅博士對大家的幫助表達了深切的感謝，受影響的寶可夢也全數康復。臨走前，藍葛雷與艾莉絲這對冤家依然不忘互相鬥嘴，藍葛雷隨後獨自踏上旅程。小智一行人則帶著滿滿的活力，搭船前往立湧市，準備迎接最後一場道館賽的挑戰。