探索武鬥島與神祕池塘
為了準備武鬥道館的重新挑戰，小智一行人在武鬥島上持續進行修行。這一天，小遙化身為「小遙探險隊」的隊長，帶領大家沿著河流逆流而上。在克服了巨大的瀑布後，眾人來到了一處水流平緩的支流，意外發現了許多剛出生不久、非常可愛的水躍魚寶寶。正當小遙想要靠近時，一隻體型較大的水躍魚出現並使出水槍，充滿警戒地保護著這些幼小的同伴。隨後，一位自稱「沼田老人」的長者出現，化解了誤會。
沼田老人與水躍魚的育幼室
沼田老人帶領大家參觀他的小屋，解釋這裡其實是受寶可夢聯盟委託、專門孵化與培育水躍魚的祕密基地。這些培育出的水躍魚，未來將會成為新人訓練家領取的第一隻夥伴。沼田老人特別提到，那隻充滿警戒心的大水躍魚其實是野生的，牠自願擔任起保護者的角色。然而，因為這隻水躍魚已經發育得較成熟，加上性格固執，一直沒能被分配給新的訓練家，也逐漸變得孤單，沒有真正的同伴。
火箭隊的襲擊與洪水危機
此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵為了搶奪稀有的水躍魚，破壞了柵欄闖入。性格直爽的沼田老人不小心說溜嘴，透露了如果破壞附近的堰堤會造成洪水，導致水躍魚寶寶受災。火箭隊立刻利用小次郎的沙漠奈亞破壞堰堤，洶湧的洪水瞬間灌入池塘。為了保護水躍魚寶寶，小剛派出了佛烈托斯使用「高速旋轉」暫時擋住出水口，並指揮蓮葉童子與大水躍魚協力救出受困的寶寶。在混亂中，一隻水躍魚寶寶被沖向瀑布邊緣，大水躍魚為了救牠也身陷險境。
小剛的英勇救援與新夥伴的加入
眼看大水躍魚就要墜下瀑布，小剛毫不猶豫地利用樹根垂降，冒著生命危險在千鈞一髮之際抓住了大水躍魚，這份捨身救人的熱忱終於贏得了大水躍魚的信任。隨後，火箭隊開著特製機械準備捕捉水躍魚，小剛冷靜觀察地形，發現土質鬆軟，指揮蓮葉童子與大水躍魚同時使出「水槍」將地面變成泥濘的沼澤，使機械陷入泥潭動彈不得，最後由皮卡丘的十萬伏特將火箭隊擊飛。
感人的離別與新的開始
事件結束後，沼田老人看中小剛細心呵護寶可夢的能力，以及他與大水躍魚之間建立的深厚默契。考慮到大水躍魚在這裡沒有年齡相仿的同伴，老人建議小剛帶牠一起旅行。大水躍魚欣然接受了小剛的邀請，正式成為小剛的新夥伴。帶著新成員加入的喜悅，小智一行人繼續在武鬥島上為了變強而努力前進。