準決賽開戰！傳說對決達克萊伊
神奧聯盟鈴蘭大會進入準決賽階段，小智迎戰本次大賽最強的對手——達克多。這場比賽是在草之場地進行的六對六全員對戰。達克多派出的首隻寶可夢正是那隻在先前比賽中僅憑一己之力橫掃所有場館與對手的傳說寶可夢「達克萊伊」。面對強敵，小智首戰派出擁有屬性優勢的赫拉克羅斯，企圖利用「夢話」配合「超級角擊」在睡眠狀態下發動攻擊，然而達克萊伊實力過於強大，隨後以「食夢」輕鬆擊敗赫拉克羅斯。小智接著派出的煤炭龜與圓陸鯊也無法抵擋達克萊伊的「惡之波動」，接連敗下陣來。
蜥蜴王的奇蹟！擊破不敗的神話
在失去三隻寶可夢且陷入絕境的情況下，小智派出了實力堅強的蜥蜴王。對戰中，蜥蜴王不幸被達克萊伊的「暗黑洞」擊中進入睡眠，但在小智不斷的呼喚下，蜥蜴王展現了驚人的意志力，奇蹟般地甦醒並抓住瞬間的破綻，以威力驚人的「葉刃」成功擊倒了自大賽開始以來從未被打敗過的達克萊伊。全場觀眾為之沸騰，達克多也首度露出了驚訝的神情，並對小智的實力表示讚賞，表示這是他第一次被迫使出第二隻寶可夢。
拉帝歐斯登場！皮卡丘的最後一搏
達克多派出的第二隻寶可夢竟然是另一隻傳說寶可夢「拉帝歐斯」。蜥蜴王雖然速度驚人，但仍不敵拉帝歐斯的「終極衝擊」而戰敗。隨後小智的大王燕也在激烈的空中戰中被「潔淨光芒」擊落。小智最後的希望寄託在皮卡丘身上。皮卡丘展現了極致的鬥志，跳上拉帝歐斯的背部近距離施展「十萬伏特」，雖然拉帝歐斯以「光牆」減半傷害並飛向高空試圖甩開，但皮卡丘死不鬆手。最後，皮卡丘將「伏特攻擊」與「鐵尾」結合成強大的招式，與拉帝歐斯的「潔淨光芒」產生了大爆炸。
大會閉幕！邁向新的旅程
煙霧散去後，皮卡丘與拉帝歐斯雙雙倒下，判定同時失去戰鬥能力。由於小智六隻寶可夢已全部戰敗，而達克多仍剩下四隻寶可夢，最終由達克多獲得準決賽勝利，並隨後在決賽中再次憑藉達克萊伊奪得大會冠軍。鈴蘭大會正式閉幕，聖火緩緩熄滅。雖然止步於四強，但小智與皮卡丘對於未來的目標更加堅定。在與阿馴告別後，小智、小光與小剛三人在夕陽下反思這段旅程的點滴，並相約為了各自的夢想——寶可夢大師、頂級協調訓練家以及剛起步的寶可夢醫生目標，繼續奮力前進。