前往對戰水管的途中
小智、小遙、小勝與小剛一行人正朝著下一個對戰設施「對戰水管」前進。為了節省時間，他們計畫通過第二單車路，卻在入口處遇到君莎小姐告知前方發生了土石流導致封路，必須繞道而行。然而，皮卡丘突然感應到了森林深處傳來異樣的波動，不顧阻攔地衝入了封閉區。小智隨後追趕，在森林入口遇到了阻攔他們的寶可夢保育家「希日向」與她的夥伴「正電拍拍」。
保育家的使命與時拉比的現身
希日向解釋，這片森林正受到異常生長的巨大荊棘覆蓋，而根據情報，這很可能是傳說中的寶可夢「時拉比」因受傷而產生的自我防禦現象。為了救出皮卡丘並解除森林的危機，希日向在獲得保育家聯盟許可後，帶著小智一行人深入禁區。她展現了保育家的專業技術，使用「捕獵遊標」暫時藉助野生「直衝熊」的力量，利用「切割」絕招開闢道路。途中，他們還順手救出了受困在荊棘中動彈不得的火箭隊三人組。
深入地底與治癒傷痕
由於地面的荊棘過於密集，希日向再次使用捕獵遊標，捕獲了地鼠與三地鼠，請求牠們使用「挖洞」絕招建立地下通道。眾人穿過地道後，終於在一處隱密的草叢發現了皮卡丘正細心看護著虛弱的時拉比。希日向判斷時拉比是從其他時代穿越過來時遭遇了麻煩而受傷，才利用荊棘保護自己。經過短暫的休息與眾人的安撫，時拉比逐漸恢復了精神，原本充滿攻擊性的荊棘也隨之消失。
擊退火箭隊與時空的告別
此時，火箭隊駕駛著巨大的機械裝置再次現身，企圖強行捕捉這隻珍貴的時空守護神。希日向指揮正電拍拍使用「電磁波」導致機械故障，隨後小智與皮卡丘以強力的「伏特攻擊」徹底擊碎了火箭隊的野心。戰鬥結束後，時拉比為了修復被破壞的森林，施展了「療愈之鈴」讓草木重獲生機，隨後在眾人的注視下，發動「時空轉移」回到了原本屬於牠的時代。希日向圓滿完成了任務，小智也告別了這位帥氣的保育家，帶著滿滿的勇氣繼續朝著淺紅市前進。