石英大會的遺憾與反思
在寶可夢聯盟石英大會的第五回戰中，小智因為噴火龍不聽從指令並在場上睡覺，最終敗給了好朋友阿弘。比賽結束後，小智陷入了深深的低潮，躲在房間裡不肯進食。雖然小霞和小剛試圖安慰他，但小智卻因自尊心受損與小霞發生爭執。此時，大木博士適時地給予教誨，指出小智過去過於依賴力量與直覺，提醒他身為訓練家應該學習發揮每隻寶可夢的獨特能力。這番話讓小智開始反思自己的不足。
阿弘的奮戰與運動家精神
隨後，小智前往賽場為進入第六回戰的阿弘加油。阿弘在這一場六對六的全員對戰中陷入苦戰，雙方戰至最後一隻寶可夢。阿弘派出了他的皮卡丘「雷恩」，對抗對手小百合的妙蛙草。儘管雷恩奮力抵抗，最終仍不敵妙蛙草強力的「陽光烈焰」而落敗。然而，阿弘在賽後展現了成熟的運動家精神，他並沒有像小智那樣消沉，而是積極地反省比賽中的錯誤，並邀請小智一起為了成為寶可夢大師而繼續努力。阿弘的態度深深感染了小智，兩人約定未來一定要再次切磋。
火箭團的最後突襲與友情的協助
就在兩人互相激勵時，火箭團的武藏、小次郎與喵喵再次設下兩段式的落坑陷阱，成功抓走了小智的皮卡丘與阿弘的雷恩。火箭團使用特殊的防電籠子，企圖將皮卡丘們的電力吸走。面對危機，小智與阿弘展現了絕佳的默契，小智派出比比鳥、妙蛙種子與傑尼龜，阿弘則派出小火龍「將軍」。透過眾多寶可夢的合作，他們成功打破了火箭團的計畫，並利用導電原理反擊，將火箭團再次擊退至遠方。
大會閉幕與新的旅程
隨著比賽全部結束，石英大會迎來了感人的閉幕式。達馬嵐其會長為包括小智與阿弘在內的所有參賽選手頒發了紀念獎牌。在燦爛的煙火中，選手們共同慶祝這段充滿汗水與淚水的旅程。火箭團雖然想在閉幕式挖地洞偷襲，卻意外被慶典的煙火炸飛。最後，小智與阿弘在會場外依依不捨地道別，兩人各自踏上歸途。小智回到了真新鎮，雖然石英大會的挑戰告一段落，但這並非終點，而是邁向更高目標的全新起點。