與石居蟹的初次邂逅
小智、艾莉絲與天桐在前往七寶市的旅途中，於郊外享受天桐親手製作的特製三明治。就在用餐時，他們注意到一隻罕見的「裸體」石居蟹正在獨自努力挖掘岩石。石居蟹利用口中分泌的特殊液體削弱岩石，精心打造屬於自己的「家」。正當牠完成家園露出喜悅之情時，三隻成群結隊的石居蟹突然出現，並以卑劣的手段搶走了牠剛做好的家。
夥伴受傷與溫暖的營火之夜
小智一行人決定幫助這隻石居蟹，天桐派出花椰猴使用「挖洞」追擊，卻在混亂中被對方擊出的岩石重傷導致發燒。由於藥品不足，艾莉絲展現了她對草藥的深厚知識，帶領牙牙在森林尋找草藥。服下草藥後的花椰猴在休息一晚後順利退燒。石居蟹對花椰猴的受傷深感愧疚，整個晚上都守在花椰猴身邊。天桐與小智也溫柔地鼓勵石居蟹，承諾明天一定會幫牠奪回那個充滿心血的家。
智取對手與破殼而出的實力
隔日，在花椰猴的帶領下，一行人找到了那三隻強盜石居蟹。雖然石居蟹堅持要靠自己的力量奪回岩石，但面對三對一的劣勢，天桐想出妙計，利用特製的寶可夢食物將其中兩隻石居蟹引開，創造出一對一的對決機會。儘管因為擔心傷到自己的家而不敢全力進攻，但在小智等人的加油聲下，這隻石居蟹展現了驚人的戰鬥天賦。牠巧妙利用岩石地形防禦，並使出「十字剪」重創對手。最後更展現出強大的招式「破殼」，以捨棄防禦、大幅提升攻擊力的姿態徹底擊敗首領，成功奪回自己的家。
新的夥伴與火箭隊的陰謀
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵在地下鐵月台與部下弗林特會合，並成功潛入安得摩尼研究所，盜取了關於「隕石（流星之玉）」的重要數據。完成任務後的石居蟹對天桐產生了深厚的好感，主動要求跟隨。天桐深受感動，順利收服石居蟹，隊伍中增添了新的夥伴。帶著勝利的喜悅，一行人再度踏上旅程，朝著下一個道館所在地七寶市邁進。