石丸子的現身與反常行為
小智、艾莉絲與天桐在前往雷門市的旅途中，正於森林中享用天桐精心製作的木果派。突然間，一隻石丸子闖入並攪亂了他們的午餐。小智對這隻強悍的寶可夢產生興趣並嘗試收服，先後派出水水獺與暖暖豬應戰，但石丸子憑藉著「結實」特性與強大的「石刃」攻擊令小智陷入苦戰，最後石丸子在戰鬥中表現出焦躁不安的樣子後離去。
乾涸的水源與洞窟的異變
眾人隨後來到附近的寶可夢中心，卻發現中心內部供水中斷。喬伊小姐表示水源來自附近石丸子棲息的洞窟，水利局的調查員塔特爾也在此調查原因。根據以往經驗，石丸子極少離開洞窟，因此這隻出現在森林的石丸子顯得非常反常。小智一行人決定跟隨塔特爾前往洞窟一探究竟，並再次遇到了那隻石丸子，發現它正試圖引導眾人前往水源處。
火箭隊的邪惡計劃：石丸子大砲
進入洞窟後，眾人發現水源被岩石堵塞，而這一切竟是火箭隊的陰謀。武藏、小次郎與喵喵受賽格博士的委託，正在捕捉石丸子以利用它們體內的高能量核心作為核心零件，研發威力驚人的新兵器「石丸子大砲」。火箭隊現場測試大砲威力，強大的光束造成洞窟劇烈震動與坍塌，小智在危急時刻救下了受傷的石丸子，而火箭隊則帶著捕獲的石丸子群撤離。
集體共鳴與粉碎陰謀
為了脫困，艾莉絲與天桐分別派出龍頭地鼠與花椰猴使用「挖洞」開路。眾人循著石丸子敏銳的聽覺追上了火箭隊的實驗基地。面對火箭隊再次啟動「石丸子大砲」的威脅，小智救下的石丸子大聲呼喚被囚禁的同伴。受困的石丸子們集體共鳴，自主控制能量核心導致能量逆流，機器最終發生大爆炸毀損。火箭隊見勢不妙，在留下一番狠話後撤退。
熱血的再次對戰與收服
事件平息後，寶可夢中心的水源恢復正常，石丸子群也回到了住處。然而，那隻帶路的石丸子主動向小智提出對戰要求，希望能跟隨小智。儘管屬性上處於劣勢，小智依然派出剛復原的暖暖豬應戰。雙方展開了一場意志的較量，暖暖豬在「硝化衝鋒」與多次撞擊後，克服了石丸子的頑強防禦。最終，石丸子力盡倒下，小智成功投擲精靈球，將這隻可靠的夥伴收服入隊。