矢車森林的偶遇
小智、艾莉絲與天桐三人正朝著下一個道館所在地飛雲市前進，途中進入了被譽為「自然迷宮」的矢車森林。在森林中，一隻好戰的蟲寶包突然出現並襲擊了皮卡丘。小智對這隻充滿個性的蟲寶包產生了濃厚興趣，想要將其收服，但在追逐過程中，三人不小心偏離了主路，在茂密的森林中迷失了方向。
天才藝術家亞堤現身
正當眾人尋找出口時，他們遇到了一位穿著葉子裝、像森林精靈般生活在樹上的神祕男子。令小智驚訝的是，這位男子正是飛雲道館的道館館主——亞堤。亞堤同時也是著名的時尚設計師與藝術家，他為了尋找創作靈感（他稱之為「純情之心」），決定像森林寶可夢一樣生活在自然之中。亞堤向眾人介紹了那隻蟲寶包，並提議讓小智一行人也體驗一下森林生活，學習在收服寶可夢之前先深入了解牠們的習性。
與大自然融為一體
在亞堤的帶領下，小智嘗試以蟲寶包的方式進行「撞頭禮」打招呼，雖然被蟲寶包撞個正著，但也拉近了彼此的距離。他們一起午睡、觀察天空、採摘樹果，體驗著單純的生存之道。當一群滾滾蝙蝠為了爭奪樹果發動攻擊時，小智不顧危險保護了蟲寶包，這份誠摯的情誼讓原本高冷的蟲寶包深受感動，主動分享樹果給小智，兩者之間建立起深厚的信任。
驚險的救援與新的夥伴
夜晚，一隻探探鼠趁大家熟睡時帶走了蟲寶包。小智一行人追趕到洞穴後發現，探探鼠是為了救助生病的同伴，才帶走蟲寶包以取用其頭上的葉子當作草藥（這是當地的自然習性）。亞堤溫柔地救治了探探鼠，化解了危機。隨後，蟲寶包意外被受驚的四季鹿帶往懸崖邊，在千鈞一髮之際，小智冒險跳下懸崖救援。此時，一隻保姆蟲及時出現，用絲線救下小智與蟲寶包，並為蟲寶包編織了嶄新的葉子頭套。
前往飛雲市的約定
經歷了一場驚心動魄的冒險後，蟲寶包主動表示願意跟隨小智。小智成功收服了他在合眾地區的第七隻寶可夢，並按照規定將其中一隻寶可夢傳送回紅豆杉博士的研究所。亞堤因為這次經歷獲得了滿滿的靈感，先行告別並在飛雲道館等待小智的挑戰。小智帶著新夥伴蟲寶包，滿懷信心地邁向新的旅程。