回到故鄉真新鎮
在結束了橘子群島的冒險後，小智與小霞、小建終於回到了故鄉真新鎮。小建對於能親自見到崇拜的大木博士感到非常興奮與緊張。回到家後，小智驚訝地發現原本留在內木博士那裡的小剛，竟然已經提前回到了真新鎮，並且正在幫小智的媽媽花子分擔家務，與魔牆人偶一起打理家園。然而，每當大家詢問小剛在橘子群島的研究細節或提到內木博士的名字時，小剛就會陷入嚴重的意志消沉狀態，不斷重複著「請不要問我」，顯然在南方島嶼經歷了某些不願提起的心碎往事。
拜訪大木研究所與重逢
隨後，一行人前往大木研究所。小智正式將從內木博士那裡得到的神秘GS球交給了大木博士進行研究，並展示了他在橘子聯盟勝利者盃獲得的冠軍獎盃。在研究所廣大的後院中，小智與之前寄放在這裡的臭臭泥、肯泰羅群以及巨鉗蟹重逢，同時也確認了新加入的成員卡比獸在這裡生活得很好。小建則把握機會向大木博士呈上自己的觀察報告，並得到了博士的高度讚賞，讓小建深受感動。
火箭隊的突襲與小茂的介入
就在大家參觀研究所時，火箭隊駕駛著巨大的馬戲團帳篷造型機器發動突襲。他們利用新型的吸塵裝置，企圖將研究所內珍貴的寶可夢球以及GS球一併強行奪走。小智派出臭臭泥應戰，雖然臭臭泥表現得非常親人且努力，但在火箭隊新兵器的束縛下，眾人陷入了困境。就在千鈞一髮之際，小智的勁敵小茂帶著尼多后及時現身，小茂展現了卓越的指揮能力與實力，尼多后以壓倒性的力量迅速擊潰了火箭隊的機器，再次將他們打飛。
宿命對決的挑戰
戰鬥結束後，小茂展現出的成熟與強大讓小智感到驚訝。雖然小智才剛獲得橘子聯盟冠軍，但小茂冷靜地指出他在戰鬥中的不足，並表示自己也在這段時間不斷磨練。感受到小茂的實力成長，小智燃起了鬥志，正式向小茂提出對戰挑戰。這對宿敵在真新鎮的再次重逢，也為接下來的激烈對戰揭開了序幕。