莎莉娜的第一隻夥伴
故事開端，莎莉娜在布拉塔諾研究所挑選她的第一隻夥伴寶可夢。在聽完布拉塔諾博士對火狐狸、哈力栗與呱呱泡蛙的詳細介紹並獲得寶可夢圖鑑後，莎莉娜決定選擇她從家裡出發時就已經想好的火狐狸。兩者正式結為夥伴，開啟了前往尋找小智的旅程。
意外失蹤與火箭隊的追擊
此時，小智、希特隆與柚麗嘉正朝著白檀市前進。在休息途中，柚麗嘉熱心地為皮卡丘和小箭雀進行梳洗與餵食。之前曾出現過的咚咚鼠再度現身並搶走食物，在眾人追捕過程中，皮卡丘與咚咚鼠不慎與大家走散，並掉進了洞穴深處。潛伏在旁的火箭隊三人組發現落單的皮卡丘與「附贈品」咚咚鼠，發動了猛烈追擊。小次郎更派出新收服的寶可夢「好喇叭」助陣。皮卡丘與咚咚鼠雖然拼命逃跑，但咚咚鼠因體力與電力耗盡陷入虛弱，最後兩者在危急時刻被小智的小箭雀及時發現，眾人順利會合。
希特隆的發明與咚咚鼠的康復
面對虛弱的咚咚鼠，希特隆展現了他的科學才華，拿出名為「電力產生裝置」的發明，企圖透過靜電原理為咚咚鼠補給電力。雖然裝置最後因為負荷過重而發生大爆炸，但結果卻出奇地好，咚咚鼠恢復了精神。這時火箭隊再度現身攪局，咚咚鼠自告奮勇代替疲憊的皮卡丘上陣，在希特隆的指揮下展現了強大的鬥志。
臉頰揉揉與正式收服
戰鬥中，咚咚鼠使出可愛卻強力的招式「臉頰揉揉」，讓火箭隊的好喇叭陷入麻痺狀態。最後，咚咚鼠與皮卡丘聯手發動電擊，將火箭隊徹底擊飛。戰鬥結束後，咚咚鼠主動表達想跟著一行人冒險的心願。希特隆順應柚麗嘉的要求正式收服了咚咚鼠，並交由不滿收服年齡的柚麗嘉負責照顧（也就是「Keep」）。與此同時，在森林中趕路的莎莉娜雖然一度被野生的蜂女王驚嚇，但在火狐狸的保護與喬伊小姐的指引下，也順利抵達了寶可夢中心。小智一行的團隊因為咚咚鼠的加入變得更加熱鬧，持續朝著道館挑戰邁進。