森林中的意外相遇
小智、小霞與小剛在旅途中進入了一片美麗的森林休息。在這裡，小智的皮卡丘偶然遇到了一隻年幼的野生皮卡丘，並隨後發現了一大群棲息於此的皮卡丘群落。這群野生的皮卡丘因為長期遠離人類，起初對小智等人充滿戒心。然而，當其中一隻年幼的皮卡丘不慎掉入河流並險些墜落瀑布時，小智的皮卡丘奮不顧身地將牠救起。這項舉動感動了皮卡丘群，讓牠們接納了小智的皮卡丘成為牠們的一份子。
火箭隊的捕捉計畫
一直暗中觀察的火箭隊三人組（武藏、小次郎與喵喵）見到如此龐大數量的皮卡丘，決定發動大規模捕捉行動。他們使用特製的「抗電擊吸收素材」網子，將整群皮卡丘一網打盡。雖然小智嘗試上前阻止，但皮卡丘們仍陷入困境。在危機時刻，小智的皮卡丘在網內帶領大家集體啃咬網子尋求突破，最終在小智的全力協助下，所有皮卡丘順利脫困。皮卡丘群隨後聯手發動強大的電擊，將火箭隊擊飛，守護了森林的和平。
小智的痛苦抉擇
看著皮卡丘與同伴們相處得如此愉快，小智產生了「讓皮卡丘留在森林或許會更幸福」的想法。他認為與其讓皮卡丘跟著自己到處冒險，不如讓牠留在這個屬於皮卡丘的樂園。儘管內心萬般不捨，小智仍強忍悲痛，要求皮卡丘留下並獨自跑開。在森林中奔跑的小智，腦海中不斷浮現與皮卡丘相處的種種回憶，淚水止不住地流下，但他深信這是為了皮卡丘的幸福所做的最好決定。
永恆不變的牽絆
就在小智以為要與夥伴永別時，皮卡丘卻在日出的光輝中追了上來。對皮卡丘而言，比起留在同類身邊，牠更渴望與小智一起冒險。野生的皮卡丘群也紛紛現身，以歡呼聲祝福這對堅定不移的夥伴。這次在皮卡丘森林的經歷，不僅沒有讓他們分開，反而讓小智與皮卡丘的心連結得比以往更加緊密。兩人再次攜手，重新踏上了成為寶可夢大師的旅程。