神祕的吸引力與混亂的寶可夢中心
小智、小光與小剛在前往濱海市的旅行途中，抵達了一座城鎮並前往寶可夢中心休整。原本只是平靜的一天，皮卡丘與波加曼卻在一次小爭吵後，身體突然像強力磁鐵般緊緊吸在一起。無論眾人如何努力拉扯，甚至小光嘗試將波加曼收回精靈球，只要波加曼一出來就會立刻被吸向皮卡丘。隨後，他們在寶可夢中心發現了更驚人的景象：許多訓練家的雷丘與傑尼龜、勒克希歐與瑪力露、咩利羊與章魚桶等組合，全都陷入了無法分開的窘境。經過小剛的觀察，發現受影響的寶可夢清一色都是「電屬性」與「水屬性」的組合。
兒玉博士的「友好交流機」實驗
經由喬伊小姐的引導，眾人來到研究所見到了兒玉博士。博士解釋他為了讓自己那對關係極差的小磁怪與沼王和好，研發了一台名為「友好交流機」的裝置，將「著迷」招式的能量轉化為電子訊號發射，企圖強行建立寶可夢間的好感。然而，這項實驗卻產生了嚴重的副作用，導致城鎮中所有的純電屬性與純水屬性寶可夢產生強大的異性相吸現象。反倒是博士的小磁怪與沼王，因為分別擁有鋼屬性與地面屬性的第二屬性干擾，使得實驗訊號對牠們完全無效，依然維持著互相對峙的狀態。
火箭隊的野心與意外的結局
潛伏在研究所打工的火箭隊成員武藏、小次郎與喵喵見狀，企圖奪取這台機器，好讓皮卡丘與喵喵「和好」以便捕捉皮卡丘。他們強行綁架了兒玉博士並搶走裝置。在火箭隊操作機器的過程中，訊號強度的變化讓皮卡丘與波加曼再度被吸向熱氣球。就在危急時刻，博士的小磁怪與沼王挺身而出，原本看似不合的兩隻寶可夢展現了平時「對戰練習」累積的默契，聯手發動攻擊救回博士並摧毀了機器。隨著裝置損壞，磁力訊號隨之消失，皮卡丘與波加曼終於恢復正常。最後，博士決定將屬性干擾作為新的研究課題，而小智一行人也告別了兒玉博士，繼續邁向接下來的旅程。