誤會的開端與果園真兇
小智、小霞與小剛在前往圓朱市的旅途中，被一陣誘人的果香吸引，來到了一座廣闊的果園。在那裡，皮卡丘意外掉進了果園主人的陷阱，並被果園主人安珠誤認為是偷吃果實的「小偷」。幸好小智冷靜地觀察，指出果實上的齒痕比皮卡丘的牙齒還要小，才洗清了皮卡丘的嫌疑。安珠也為自己的魯莽道歉，並透露果園最近正因為人手不足及頻繁遭到偷竊而煩惱。
皮丘群的現身與危機
正當大家交談時，警報裝置再次響起，真正的犯人——一群可愛的皮丘出現了。這群皮丘因為今年森林果實歉收而被迫來到果園覓食。此時，一隻凶猛的大嘴雀突然現身襲擊皮丘群。皮丘們雖然嘗試反擊，但因為還年幼且不擅長控制電力，導致自己也陷入麻痺狀態。關鍵時刻，皮卡丘挺身而出，使用強大的電力驅走了大嘴雀，救下了受驚的皮丘們。
與皮丘的共存訓練
看到皮丘們因為飢餓而虛弱，安珠慷慨地拿出果實分享給牠們。小智見狀提出建議，讓皮丘們留在果園幫忙工作以換取果實。在皮卡丘的帶領下，皮丘們開始學習如何嚇跑前來偷果實的波波，並練習協助採收果實的工作。安珠看到皮丘們努力工作的樣子，原本緊繃的心也漸漸融化，決定與牠們建立長久的夥伴關係。
火箭隊的襲擊與團結的力量
然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵突然駕駛著特製機器現身，企圖將果園的果實與寶可夢一網打盡。他們的機器配備了高效能的蓄電裝置，能吸收皮卡丘的電力並將其轉化為能源。就在皮卡丘陷入困境時，皮丘們決定集體戰鬥。牠們利用「直列連結」的方式排成一列，將所有人的電量串聯在一起，發揮出超越極限的強大電流，最終導致火箭隊的機器過載爆炸，成功擊退了敵人。
理想的共生與新的旅程
戰鬥結束後，安珠與皮丘們已經建立了深厚的感情。安珠表示現在有了這群小夥伴的幫忙，她不再是孤身一人，也能更有信心地經營果園。看著皮丘們與安珠和諧相處的模樣，小智一行人也感到十分欣慰。帶著安珠贈送的果實作為謝禮，小智、小霞與小剛再次踏上前往下一個道館的旅程。