躲雨的邂逅與神祕的皮卡丘
正在旅行的小智、小霞與小剛一行人，在路途中突然遭遇大雨。為了避雨，他們來到了一座外觀奇特、像是戲院的建築物，名為「模仿屋」。進入屋內後，他們驚訝地發現裡面有兩隻皮卡丘。然而，其中一隻皮卡丘雖然動作靈活，但臉部表情卻非常奇特，始終保持著一對小黑點般的眼睛。隨後，一名打扮成小智模樣的少女出現，她正是這間屋子的主人伊美蒂。原來，那隻長相奇特的皮卡丘是由她的夥伴寶可夢「百變怪」變身而成的。
模仿少女伊美蒂的煩惱
伊美蒂向大家介紹了這隻百變怪。雖然這隻百變怪擁有卓越的變身能力，但卻有一個難以克服的缺點：無論變身成什麼，牠的臉部特徵始終會維持百變怪原本的樣子。儘管如此，伊美蒂展現了她身為訓練家的實力，在與小智的妙蛙種子對戰時，讓變身成妙蛙種子的百變怪靈活運用藤鞭等技能取得勝利。小剛指出，伊美蒂對各類寶可夢招式的深厚知識，讓百變怪的變身更具威脅。伊美蒂的夢想是成為一名「百變怪大師」，透過完美的模仿帶給觀眾歡樂，但對於百變怪無法完美變臉的習慣，她也感到十分苦惱。
火箭隊的綁架與驚人的成長
就在此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵闖入模仿屋，並趁亂綁走了百變怪。他們企圖利用百變怪的變身能力，將其變身成傳說中的寶可夢「迷你龍」獻給老大。然而，無論武藏如何逼迫與嘲諷，百變怪變身出的樣子依然帶著那張奇怪的臉。在火箭隊不斷的威脅與壓力下，百變怪在反覆練習中竟然激發了潛能，終於克服了長久以來的習慣，成功完成了完美的變身，甚至能變得和喵喵完全一模一樣，讓火箭隊大為驚喜。
完美的演出與重新出發
小智一行人隨後趕到火箭隊的基地準備營救百變怪。雙方見面後，伊美蒂與小智等人甚至反過來模仿火箭隊的經典登場台詞，讓武藏等人氣憤不已。火箭隊試圖用兩隻一模一樣的喵喵來迷惑大家，但伊美蒂憑藉著與夥伴間的深厚羈絆，一眼就識破了哪一隻才是自己的百變怪。隨後，百變怪變身成火箭隊的巨大喵喵機械與之對擊，最後在皮卡丘的電擊下，成功將火箭隊擊飛。事件解決後，百變怪已經能完美變身成任何對象，模仿屋也重新開張。小智一行人告別了伊美蒂，帶著新的啟發繼續邁向冒險旅程。