百代道館的草屬性對決
小智來到百代道館，挑戰館主菜種以獲取他的第二枚徽章。這場對戰採用三對三模式，且只有挑戰者具備替換ポケモンの權利。菜種首先派出櫻花寶，而小智則派出了草苗龜。由於當天天氣晴朗，櫻花寶發動了「葉綠素」特性，速度變得極快，並利用日光束發動猛烈攻勢。小智眼見草苗龜陷入苦戰，及時將其收回，改派姆克鳥上陣。姆克鳥利用雲層遮擋陽光、降低對手速度的時機，成功以燕返擊敗了櫻花寶，為小智拿下首勝。
草苗龜的宿命對決
接著，菜種派出了她的草苗龜。面對速度與技巧兼具的對手，姆克鳥雖然嘗試以翅膀攻擊壓制，卻不慎落入陷阱，被對手施放了寄生種子，最終在體力不斷流失下敗北。小智再次派上自己的草苗龜進行宿命對決，儘管也深受寄生種子之苦，但小智巧妙指示草苗龜在躲避對手葉暴風的同時，利用光合作用恢復體力。在一場激烈的撞擊對拼後，小智的草苗龜終於克服重重困難，擊敗了菜種的草苗龜。
羅絲雷朵與長尾怪手的最終決戰
菜種最後派出了王牌羅絲雷朵。羅絲雷朵展現出強大的實力，先以草結點絆倒小智的草苗龜，隨即發射受天氣影響轉變為火屬性的氣象球，僅一擊就將體力耗盡的草苗龜擊倒。小智最後的希望寄託在長尾怪手身上。長尾怪手雖然動作靈活，卻被羅絲雷朵的閃光奪走了視線。在陷入黑暗的危機中，小智冷靜地指示長尾怪手專注於聲音。長尾怪手成功聽聲辨位，利用真氣拳回擊了氣象球，並將高速星星與真氣拳組合成華麗的戰法，最終成功擊敗羅絲雷朵。
獲得森林徽章
對戰結束後，菜種由衷讚賞小智與寶可夢之間深厚的羈絆，並將百代道館的證明——森林徽章授予小智。小智如願拿到了第二枚徽章，朝著神奧聯盟又邁進了一大步。而在道館地下，原想潛入偷取皮卡丘的火箭隊三人組，意外地被地下大叔拉去幫忙挖礦，並在享用了美味的拉麵後感到心滿意足，度過了難得沒有被打飛的一天。