白之遺跡的發現與重逢
小智、艾莉絲與天桐在前往與傳說寶可夢萊希拉姆相關的「白之遺跡」途中，經過了伊修地區最古老的建築「龍螺旋之塔」。隨後，他們遇到了紅豆杉博士（父親）的助手尼克，並在他的接應下抵達了遺跡現場。在那裡，紅豆杉博士正帶領著由泥偶巨人、修繕老頭與搬運小匠組成的調查隊進行挖掘工作。博士向小智一行人展示了遺跡內部的壁畫與古代文字，並成功解開門上的封印，帶領大家進入如火山口般的密室，最終在中央發現了傳說中萊希拉姆化身而成的「光明石」。
Ｎ的現身與理想的衝突
正當眾人為發現光明石感到興奮時，Ｎ感應到了萊希拉姆的氣息而突然現身。Ｎ表示他能感受到光明石散發出的悲傷，並質疑紅豆杉博士僅將萊希拉姆視為「研究對象」的態度。Ｎ回憶起萊希拉姆曾燒毀等離子團基地的往事，認為若人類不改變傲慢的心態，只會再次觸怒萊希拉姆。為了守護他心中神聖的萊希拉姆，Ｎ強行奪走了光明石。小智為了阻止Ｎ並與他進一步溝通，在追逐過程中因地面震動，兩人意外墜入遺跡崩塌產生的地底深處。
地底的交心與友情觀
在受困的地底迷宮中，Ｎ向小智吐露了他對人與寶可夢關係的矛盾看法。他提到自己的伙伴海蓮娜與巴貝娜只看過人類黑暗的一面，因此全盤否定人類，而他自己則在各地旅行中看到了多樣的共存關係。Ｎ認為將寶可夢視為研究對象是一種傲慢，但小智則以皮卡丘為例，強調寶可夢是他最重要的「朋友」，無論快樂或痛苦都在一起，而想要了解寶可夢是為了與他們建立更深的羈絆。小智甚至提出想跟萊希拉姆當朋友的想法，這份單純而強大的信任感令Ｎ深受觸動。
等離子團的全面襲擊與阿克羅瑪的兵器
與此同時，等離子團在布拉德與安及的帶領下全面包圍了白之遺跡，企圖奪取光明石與捕獲Ｎ。就在局勢危急時，助手尼克揭開變裝，露出其身為國際警察「帥哥」的真面目。然而，等離子團早有備而來，阿克羅瑪博士啟動了最新完成的「寶可夢控制裝置」，瞬間控制了考古隊的泥偶巨人，將其化為可怕的戰鬥兵器。艾莉絲與天桐分別派出快龍與岩殿居蟹苦苦支撐。身處地底的小智與Ｎ聽到了上方寶可夢們痛苦的叫喊，意識到等離子團已開始行動，急忙尋找出口。此時，火箭隊也在暗處伺機而動，一場關於光明石的四方爭奪戰正式引發。