神祕的隕落與大宇怪的陰影
正當小智、艾莉絲與天桐為了回到關都地區而橫越大大島並前往港口時，深夜裡天空中突然墜下一顆帶著火光的發光圓盤，並降落在島嶼的某處。小智等人在現場發現了許多散落的零件，其中小智撿到了一枚外觀極像「護符金幣」的發光物件；與此同時，火箭隊三人組也前來尋寶，然而喵喵卻不慎被神祕的大宇怪帶走，並被帶往圓盤內部進行某種實驗。
全鎮居民的異狀與短暫的停戰協議
隔天早晨，小智在寶可夢中心醒來，驚恐地發現艾莉絲、天桐、牙牙、皮卡丘，甚至連喬伊小姐、差不多娃娃和君莎小姐的臉孔都變成了大宇怪的模樣。小智倉皇逃跑時遇到了武藏和小次郎，發現他們竟然是少數沒有「變臉」的人。為了查明真相，原本敵對的小智與火箭隊決定暫時達成「休戰協議」，共同行動並尋找失蹤的喵喵。他們隨後發現，全鎮的「大宇怪化」居民都在某個領頭的大宇怪指揮下，正瘋狂搜尋某個失落的零件。
大宇怪的真正目的與喵喵的翻譯
在小智與火箭隊利用面具偽裝潛入圓盤後，他們找到了失蹤的喵喵。此時，大宇怪利用喵喵的腦部發出心電感應，向眾人解釋了真相。原來發光的圓盤是宇宙飛船，因故障發生爆炸後迫降在海中，為了修復飛船，大宇怪利用催眠暗示讓居民認為自己是大宇怪並協助尋找能源零件。至於小智與火箭隊之所以沒受影響，是因為催眠暗示對「某些人」無效。起初大宇怪稱之為「笨蛋較難被暗示」，後改口稱小智等人是擁有「特別頭腦」的天才，這才讓火箭隊轉怒為喜。
背叛與最終的修復
在確認零件的過程中，大宇怪指出小智撿到的只是普通的「護符金幣」，而真正關鍵的能源零件竟然就在小次郎手中。得知零件蘊含強大能量的火箭隊立刻背棄協議，企圖帶著零件逃跑並將飛船納為己有，並以此作為升官發財的資本。小智隨即下令皮卡丘使用十萬伏特將火箭隊擊飛，成功奪回零件並交還給大宇怪。在零件修復後，大宇怪解除催眠並駕駛飛船離去。事件結束後，居民們完全不記得發生過什麼事，小智一行人則帶著這份神祕的經歷，繼續踏上前往關都地區的旅程。