冒牌貨出現！小智一行人名譽受損
小智、莎莉娜、希特隆與尤莉嘉一行人正朝著娑羅市前進。在途中，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵再次現身奪取皮卡丘，雖然希特隆拿出新發明「招式吸收機器」應戰並成功擊退火箭隊，但機器最後仍因負荷過重而爆炸。隨後，火箭隊三人組心生一計，分別喬裝成冒牌的小智、莎莉娜與尤莉嘉（喵喵則偽裝成尤莉嘉），在鎮上到處白吃白喝、挑釁路人，並在作惡後大聲留下小智等人的名號，企圖讓真正的英雄們背黑鍋。
希特隆被誤導，天才發明淪為犯罪工具
當真正的小智一行人抵達城鎮時，立刻遭到受害民眾與君莎小姐的包圍質疑。為了釐清真相，小智、莎莉娜與尤莉嘉前往配合調查，而希特隆則獨自在寶可夢中心等候。此時，武藏與小次郎偽裝成「卡洛斯機械研究所」的研究員，利用花言巧語吹捧希特隆的才華，成功誘導希特隆協助他們修復一台「電傘查特機器」以及「寶可夢傳送裝置」。希特隆誤以為是在幫助對抗邪惡的電氣系寶可夢，發揮天才實力將機器調整得非常完美，卻不知自己親手打造了捕捉皮卡丘的利器。
真相大白！科學與友情的反擊
君莎小姐透過監視錄影器確認了冒牌貨的存在，小智等人這才發現是火箭隊的陰謀。此時火箭隊脫下偽裝，利用希特隆製作的電傘查特機器完全封鎖了皮卡丘的電擊招式，並成功將皮卡丘封入傳送艙送走。希特隆為自己的失誤感到萬分懊悔，但他隨即冷靜下來，利用科學邏輯推算傳送裝置的距離與方位，並派出掘掘兔挖掘地底確認電纜走向，精確鎖定了皮卡丘的位置。
奪回皮卡丘，繼續新的旅程
眾人趕到火箭隊的藏身處，希特隆拿出了改良版的「招式吸收機器2號」抵擋住豪喇花枝與南瓜精的攻擊。在激烈的對戰中，掘掘兔發揮出色實力，小智也趁隙救出了皮卡丘。最後，皮卡丘以強力的電球將火箭隊三人組炸飛。雖然希特隆仍對自己被騙感到自責，但在小智等人的安慰與鼓勵下，大家重拾心情。故事最後預告了小智即將與能進行超級進化的路卡利歐訓練家——科爾妮相遇，旅程仍將持續下去。