敗北後的低潮與寶可夢們的鼓勵
在睿智湖與真司的全面對戰中慘敗後，小智與夥伴們待在湖畔的寶可夢中心休養。看著傷痕累累的皮卡丘、猛火猴、林龜、姆克鷹、天蠍王與泳圈鼬，小智內心感到十分自責且消沉。火箭隊在暗處觀察，認為這是奪取皮卡丘的大好機會。然而，小智的寶可夢們雖然身上還纏著繃帶，卻主動表現出堅強的一面，試圖安慰並鼓勵小智。小智從夥伴們的鬥志中重新振作，意識到自己必須和寶可夢們一起跨越這份挫敗，並立下志願要在下次對戰中贏過真司。
三湖傳說與神祕的幻影
為了幫助傷勢較重的猛火猴恢復體力，喬伊小姐請小剛去森林尋找櫻子果。小剛在睿智湖畔採集時，意外看見了一個如幻影般的奇異身影。回到中心後，眾人討論起這個現象，喬伊小姐根據古籍推測那可能是傳說中的寶可夢「由克希」的靈魂。這時眾人才驚覺，小智、小光與小剛分別在立志湖、心齊湖與睿智湖見過亞克諾姆、艾姆利多與由克希的影子。這三隻分別象徵意志、情感與知識的傳說寶可夢，似乎與他們三人的旅程有著神祕的連結。
火箭隊的突襲與華麗大賽的新目標
小光為了讓大家恢復精神，特別練習了一場精采的寶可夢馬戲團表演，由波加曼、捲捲耳、帕奇利茲與象牙豬共同演出。此時，火箭隊三人組偽裝成施工人員現身，企圖利用小智意志消沉的假象奪走皮卡丘。火箭隊準備了完善的防電措施，但他們低估了小智夥伴們的意志。剛進化不久的猛火猴展現了驚人的力量，配合林龜、天蠍王、姆克鷹、泳圈鼬與皮卡丘的完美默契，再次將火箭隊擊飛。風波過後，喬伊小姐建議小光前往睡蓮鎮參加即將舉行的華麗大賽。小智與夥伴們重新燃起鬥志，準備迎接未來的挑戰。