意外的邂逅與海上的危機
小智、小霞與小剛在哈托巴港口因為錯過了回本土的聯絡船，被迫在港口多停留三小時。在等待期間，他們在海邊發現了一隻受傷的墨海馬。這隻墨海馬表現得異常不安，並不斷用墨汁在水面上作畫，似乎想要傳達某種警告。不久後，海面上傳來巨大的爆炸聲，一艘船隻遭到大量不明生物襲擊而沉沒，小智一行人立刻派出寶可夢協助落水者脫險。
開發與自然的衝突
當地的度假村開發商婆婆（與青普魯科的金婆婆是堂姊妹）現身，她正斥資興建一座名為「老婆婆樂園」的海上豪華飯店，但工程因大量瑪瑙水母的阻礙而停滯。為了排除障礙，婆婆公開懸賞一百萬日圓、豪華晚餐及一年份住宿券，招募志願者消滅瑪瑙水母。雖然小霞極力抗辯瑪瑙水母是溫柔的寶可夢，並主張牠們的攻擊必有隱情，但追求獎金的人群依舊蜂擁而至。火箭隊也加入了這場行動，打算利用特製的「三倍醋」來讓瑪瑙水母軍團失去戰鬥力。
巨大毒刺水母的報復
火箭隊將藥劑灑入大海後，非但沒有消滅瑪瑙水母，反而導致其中一隻瑪瑙水母產生變異，進化成體型巨大的毒刺水母。這隻巨大的毒刺水母帶領著成千上萬的瑪瑙水母發動反攻，瞬間摧毀了施工中的海上飯店並登陸城市，造成嚴重破壞。毒刺水母更操控了火箭隊的喵喵，透過牠轉述牠們的憤怒：人類為了建築工程無情摧毀了牠們棲息的珊瑚礁，因此牠們決定以牙還牙，摧毀人類的棲息地。眾人這才明白，墨海馬之前的畫作正是為了預警這場家園被毀引發的災難。
小霞的誠意與和平的結局
面對無法匹敵的巨大毒刺水母，小智派出皮卡丘與其他寶可夢試圖說服對方，但毒刺水母依然怒氣難平。關鍵時刻，小霞站到了毒刺水母面前，誠懇地代表人類道歉，並承諾人類已經反省，不會再破壞海洋環境。感受到小霞的真心，巨大毒刺水母最終決定停手，帶著族群撤回深海，但也留下了警告。雖然貪婪的婆婆最後仍想捕捉毒刺水母發財而自食惡果，但城市終於恢復平靜。事件結束後，小霞正式將墨海馬納為夥伴，一行人搭上聯絡船，朝向下一段旅程出發。