前往傳說中的琥珀之城
小智、小光與小剛為了實現尋寶者芽米的願望，在百代森林中繼續尋找傳說中擁有「恐怖的甜甜蜜」的琥珀之城。在芽米的紳士蛾帶領下，眾人跟蹤著採集花蜜的三蜜蜂，終於在瀑布後方發現了一個巨大的洞窟。皮卡丘與紳士蛾憑藉敏銳的嗅覺，帶領大家進入這座由無數三蜜蜂構築而成的迷宮。與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也悄悄跟蹤在後，企圖搶奪傳說中的甜甜蜜。
火箭隊的干擾與城池危機
在迷宮深處，火箭隊因為魯莽地挖掘牆壁而激怒了三蜜蜂群，雙方爆發衝突。芽米為了阻止無謂的爭鬥，指揮紳士蛾使用超音波擾亂對手，小光也派出波加曼使用潮旋暫時困住火箭隊，讓眾人得以先行脫身。隨後，小智一行人終於抵達了金碧輝煌的「琥珀之城」，並見到了統治這裡的蜂后。芽米誠懇地向蜂后說明自己並非為了私利，而是為了繼承祖父的遺志，希望能分享一點點奇蹟般的蜂蜜。然而，火箭隊再度現身並發動攻擊，混戰中導致城池的牆壁產生裂縫，珍貴的甜甜蜜開始外流。
守護傳說的珍寶
面對城池即將崩塌的危機，小光機警地讓卷卷耳使用急凍光線暫時凍結裂縫，小剛與小智也派出胡說樹與不良蛙搬運岩石進行加固。儘管火箭隊趁亂搶走了一些蜂蜜並企圖逃跑，但蜂后展現出威嚴，以強大的「力量寶石」將火箭隊擊飛。戰鬥結束後，三蜜蜂們利用蜂蜜修補了城池，而蜂后為了感謝小智等人的幫忙，贈予芽米一小罐傳說中的甜甜蜜。芽米在完成祖父的夢想後，決定遵從祖父「看到大針蜂就要獨自旅行」的教誨，與小智一行人告別，獨自踏上新的旅程。小智等人也重新整裝，朝著下一個目的地百代市出發。