前言：重返故鄉白銀山
為了參加城都聯盟的白銀大會，小智、小霞與小剛在前往大會地點白銀鎮之前，特地繞道前往白銀山。他們的主要目的是將空木博士交託照顧的由基拉送回其出生的故鄉。在前往保護區的途中，由基拉展現出對小智等人的深厚信任，這與牠最初因創傷而封閉心靈的模樣大相徑庭，令眾人感到十分欣慰。
衝突：憤怒的母親班基拉斯
在森林中，一聲充滿敵意的咆哮打破了寧靜，出現在眾人面前的是一隻腹部帶有傷痕的班基拉斯。小智等人根據先前在由基拉心靈世界中看到的景象，認出這正是由基拉的母親。然而，班基拉斯因為過去曾遭遇偷獵者襲擊蛋的創傷，誤將保護由基拉的小智一行人當作壞人，憤怒地對他們展開猛烈攻擊。
危機：寶可夢獵人三兄弟現身
正當小智試圖向班基拉斯解釋誤會時，真正的偷獵者「寶可夢獵人三兄弟」——庫魯、奇可與漢波現身了。他們利用奇可發明的「怪獸網」捕捉了班基拉斯。隨後，火箭隊為了奪取獵物而假裝拜師加入獵人團，卻反被獵人團利用作為阻擋保護官武藤小姐的誘餌。獵人團不僅沒有放走班基拉斯，甚至還將皮卡丘與小智的藍鱷也一併抓走。
成長：由基拉的覺醒與逆轉
看著母親與同伴陷入危機，一向怯弱膽小的由基拉終於在小智的鼓勵下展現了勇氣。牠發出尖銳且強大的噪音干擾了獵人團的控制機械，並成功喚醒了被困母親的戰鬥意志。班基拉斯感受到孩子的呼喚，發揮強大實力震懾獵人。最終在小智、皮卡丘與藍鱷的通力合作下，獵人團的機械被徹底摧毀，偷獵者們也被保護官武藤小姐繩之以法。
結語：充滿自信的道別
事件平息後，由基拉終於重回母親的懷抱。令人驚喜的是，經歷過這次戰鬥的由基拉克服了怕生的心理，不再對武藤小姐感到恐懼，展現出了自信。在離別的時刻，小智與由基拉約定彼此都要繼續努力，隨後帶著這段在白銀山的美好回憶，與同伴們繼續邁向白銀大會的目標前進。