重逢與危機：天冠山的盾甲龍
小智、小光與小剛在前往緣之市的途中，穿越天冠山時意外發現了稀有的化石寶可夢——盾甲龍。然而，惡名昭彰的寶可夢獵人J的手下隨即現身，企圖強行捕捉這些寶可夢。就在小智一行人陷入苦戰時，小智長久以來的勁敵小茂帶著電擊魔獸及時出現並提供支援。小茂解釋他目前正參與山梨博士的專案計畫，負責在天冠山進行盾甲龍的生態研究與保護工作，目標是將此區域納入自然保護區。
獵人J的侵襲與戰略分歧
得知盾甲龍蹤跡的獵人J決定親自出馬。小茂主張冷靜應對，利用地形與其他野生寶可夢（如大針蜂的巢穴）來牽制獵人，而心急的小智則傾向於正面與敵人交戰。在撤離過程中，雖然小茂對天冠山的地理分布瞭若指掌，但獵人J依然憑藉先進的偵查設備掌握了他們的動向。獵人J駕駛著暴飛龍發動猛烈攻擊，雙方展開激戰。在混亂中，一隻盾甲龍因為體力不支而掉隊，最終不敵獵人J的石化射線，被強行捕捉帶走。
反擊與救援：奪回盾甲龍
盾甲龍被奪走後，小智深感懊悔，而小茂也反思自己未能精確評估寶可夢的體力。兩人重整旗鼓，決定潛入獵人J的基地進行救援。與此同時，火箭隊三人組也企圖潛入J的母艦偷取寶可夢，卻反被拘捕。小智與小茂利用電擊魔獸與月亮伊布製造混亂吸引守衛注意，小智則趁隙成功奪回被困在貨運倉的盾甲龍。此時，獵人J的客戶得知君莎小姐正率領警力趕來，因擔心被捕而單方面取消交易。獵人J見事不可為，果斷下令撤退，消失在天際。
平靜的尾聲與新的起點
隨著獵人J的離去與山梨博士、君莎小姐的趕到，所有的盾甲龍終於獲得安全保障。山梨博士對小智與小茂的英勇表現表示嘉許。小茂在臨走前，以一種帶有祖父大木博士風格、類似寶可夢川柳的口吻與小智道別，相約在神奧地區的某處再次重逢。小智一行人也告別了天冠山，帶著守護寶可夢的堅定信念，繼續朝著緣之市前進。