岩狗狗的秘密與深夜失蹤
故事從小智發現寄宿在庫庫伊博士家的岩狗狗身上帶著傷痕回到家開始。庫庫伊博士解釋說岩狗狗並非他正式收服的寶可夢，而是因為餵食後就跟著他回家，算是「寄宿者」。在寶可夢學校，同伴們討論起岩狗狗的異常行為，馬瑪內與洛托姆圖鑑推測岩狗狗可能接近進化期，因此變得具備攻擊性且常獨自行動。為了查明真相，博士裝設了監視器，發現岩狗狗每晚都會趁大家睡著時溜出家門，前往一個神祕的地方。
自然界的對戰道場：爪印之丘
小智與博士跟蹤岩狗狗來到了「爪印之丘」，在那裡，他們驚訝地發現這裡是寶可夢們自發集結、互相切磋鍛鍊的「道場」。場中坐鎮著兩隻分別為「白晝樣子」與「黑夜樣子」的鬃岩狼人，作為道場的領導者與導師。岩狗狗在場中挑戰強大的鴨嘴火獸，雖然牠鬥志高昂，甚至在戰鬥中差點發揮出新招式的力量，但最終仍因實力懸殊而慘敗落水。小智本想上前幫忙，卻被博士勸阻，認為不應干涉寶可夢們自發的修煉路徑。
小智與岩狗狗的心靈感應與特訓
小智被岩狗狗那股不服輸的精神感動，決定陪牠一起特訓。雖然小智的教法充滿了「咚」與「哇」等感性擬聲詞，讓講求邏輯的洛托姆圖鑑感到困惑，但庫庫伊博士卻看出小智與岩狗狗正透過心靈在溝通。為了幫助岩狗狗學會「落岩」，小智甚至親自擔任標靶，讓岩狗狗對著他練習衝撞與感知能量。在熱血的奔跑與練習中，岩狗狗終於掌握了運用力量的訣竅，成功釋放出招式「落岩」。
最終勝負與新的同伴誕生
學成之後，岩狗狗再次回到爪印之丘挑戰鴨嘴火獸。在兩隻鬃岩狼人的注視下，岩狗狗冷靜應戰，看穿對手的動作，最後使出強力的「落岩」擊潰了鴨嘴火獸。戰鬥結束後，全場的寶可夢向牠致意，鬃岩狼人們也發出悠長的嚎叫認可了牠。庫庫伊博士見證了這一切，他認為岩狗狗目前最信任的人是小智，因此主動提議讓小智正式收服牠。岩狗狗開心地舔著小智的臉表示同意，小智投出精靈球，正式收服岩狗狗，兩人在夕陽下奔跑，約定要一起變得更強。