前往緣之市的旅程與沒落的寶可夢中心
小智在完成百代道館的比賽後，與小光、小剛一同騎著單車沿著「單車路」前往下一個目的地——緣之市。由於路途遙遠，他們打算在一處寶可夢中心休息。然而，這間寶可夢中心顯得十分冷清且破舊。喬伊小姐解釋，自從單車路開通後，訓練家和協調訓練家們大多直接前往城市，不再經過這裡，這讓她感到意志消沉，認為自己失職，甚至覺得這間中心即將被世人遺忘。
小福蛋的誕生與小剛的細心呵護
就在此時，小剛細心照料的寶可夢蛋發出了亮光，即將孵化。在喬伊小姐與吉利蛋的協助下，一顆健康的「小福蛋」順利誕生。小福蛋是一種喜歡圓形白石頭的寶可夢，會模仿吉利蛋將石頭放入腹部的育兒袋中。為了讓剛出生的小福蛋開心，小剛在小智與小光的協助下，從大量石頭中挑選了一顆形狀完美的圓石，並親自細心打磨，確保石頭光滑且不會傷到小福蛋，展現了他作為優秀培育家的專業與愛心。
火箭隊的野心與出人意料的力量
一直躲在暗處偷聽的火箭隊（武藏、小次郎、喵喵）盯上了剛出生的小福蛋。他們計畫將小福蛋進化成吉利蛋，建立屬於火箭隊的寶可夢中心，藉此吸引並奪取稀有的寶可夢。火箭隊趁機奪走了小福蛋，並試圖用各種石頭討好它，但小福蛋完全不領情。隨後，小福蛋展現出與其嬌小外表完全不符的驚人怪力，不僅輕鬆掙脫束縛，還能將火箭隊與其寶可夢玩弄於股掌之間，令眾人大吃一驚。
重拾信心的喬伊小姐與戰鬥勝利
在追奪小福蛋的過程中，附近的野生寶可夢因為火箭隊寶可夢製造的沙暴而受傷。看到受傷的寶可夢，小剛鼓勵喬伊小姐，指出這裡的野生寶可夢依然非常需要她的守護。喬伊小姐重拾信心，立刻投入救援工作。隨後，小智一行人趕到並與火箭隊開戰，小福蛋再度發揮神力，單手舉起沉重的飯匙蛇並將火箭隊拋向空中，最後由皮卡丘以「伏特攻擊」將他們徹底擊飛。
新的夥伴與未來的路標
事件解決後，小福蛋主動將小剛打磨的石頭送給他，表達了對小剛的喜愛，小剛也高興地接受並決定與小福蛋一起旅行。喬伊小姐也恢復了往日的開朗，承諾會為了野生寶可夢繼續守護這間中心。小智得知緣之市確實有道館後，充滿鬥志地準備迎接挑戰，小光也希望能順利獲得緞帶勳章。帶著新夥伴小福蛋，小智一行人再度踏上前往緣之市的旅程。